Из протокола судебного заседания по делу 23/80. Якунин: «Я могу сказать, что практически признаю все факты обвинения: т.е. изготовление, размножение, хранение и распространение всех документов. Не согласен с оценкой следствия моих действий и целей. Они не носили антисоветский характер, клеветнический, порочащий советский и общественный строй. Фактическую сторону своих действий я полностью подтверждаю по всем разделам обвинения. Всей своей деятельностью я стремился улучшить положения религии, Церкви и верующих в нашей стране». Адвокат просил смягчить приговор. Перед тем как произнести последнее слово, отец Глеб спросил: «Интересуют ли суд и сию аудиторию мотивы и факты, заставившие меня взяться за правозащитную деятельность в помощь христианам?» Судья Лубенцова ответила, что это никого не интересует. На вопрос отца Глеба, что же интересует суд, она ответила, что он может обратиться к суду с просьбами. Якунин заявил, что просьб у него нет. «Тогда все!» – сказала Лубенцова.
Был зачитан приговор, в котором было отмечено: «Вместе с тем, виновным себя не признал, отрицал клеветнический характер содержания вышеперечисленных документов и материалов, заявил, что, совершая указанные действия, он цели подрыва или ослабления Советской власти не преследовал». Предъявленные обвинения были серьезными: «…клеветал на общественный строй, отождествлял советскую действительность с салазаровским режимом, называл Советскую страну «пустыней духовного голода», обвинял органы Советской власти в терроризме и сравнивал их деятельность с действиями палачей…» После зачтения приговора отцу Глебу Якунину было оглашено частное определение суда о необходимости проведения дополнительного следствия по ст. 88 и 154 УК РСФСР («нарушение правил о валютных операциях» и «спекуляция») в связи с фактами, «выявившимися на суде» (по ст. 154: продажа Библии за 100 р.; по ст. 88: покупка и продажа монет и изделий из золота и серебра)». Г. Якунин подал кассационную жалобу на вынесенный ему приговор.
Последнее слово подсудимого: «В своем слове я у суда ничего не прошу. У меня есть только благодарение Богу за мою судьбу и за тот путь, который ожидает меня впереди». Во время зачтения приговора в зале велась телевизионная съемка. Эта запись была потом показана по английскому телевидению. После окончания суда 2 сентября 1980 года в газете «Труд» была напечатана статья Л. Колосова «Кому служил «отец» Глеб?» В статье утверждалось: «В ходе судебного следствия выяснилось, что на протяжении 1964-1979 годов Г.П. Якунин с целью извлечения незаконных доходов систематически и в крупных размерах занимался скупкой и перепродажей предметов церковного обихода, антиквариата, книг, промышленных товаров, изделий из драгоценных металлов и камней, в том числе серебряных монет дореволюционной чеканки…»
Процесс над отцом Глебом был необычайно долгим и тянулся четыре дня. Скорее всего, суд неоднократно переносили из-за Олимпийских игр в Москве, которые открылись 19 июля и длились до 3 августа 1980 года. Они оказались провальными. Большая часть зарубежных спортсменов отказались приехать в Москву, протестуя таким образом против введения советских войск в Афганистан в декабре 1979 года. Видимо, кураторы из КГБ, обескураженные провалом Олимпийских игр, первоначально намеревались осудить отца Глеба как валютного спекулянта. Это было озвучено прокурором Георгием Скаредовым, ставшим в июле того же года первым заместителем прокурора Москвы. Но в конце концов было решено судить отца Глеба по ст. 70 как антисоветсчика. Обескуражило и то, что большинство свидетелей из числа православных христиан отказались дать показания против отца Глеба. Исключением были показания Виктора Попкова, историка Александра Рогова и священника Иоанна Кривого. Даже столь официозное лицо, как Алексей Осипов (профессор Московской духовной академии), был крайне осторожен в своих показаниях. Староста Загрязкина изменила свои показания, которые дала во время предварительного следствия. На многих оказало укрепляющее воздействие поведение отца Глеба во время суда. Он сражался без страха и упрека, прекрасно понимая, что его судьба уже решена в КГБ. Он оставался бесстрашным бойцом, несмотря на предательство старых друзей. Его бесстрашие помогало преодолевать страх и свидетелям.
Раскаявшиеся и давшие необходимые показания на суде Виктор Капитанчук и Лев Регельсон получили условные сроки и были освобождены из-под стражи. Лев Регельсон после освобождения безуспешно обращался в органы КГБ с просьбой устроить ему свидания в лагерях со священником Глебом Якуниным и Александром Огородниковым. В то время он искренне считал их убеждения заблуждением и был уверен, что сумеет разубедить их и вернуть на путь служения родине. Но он не получил такой возможности.