Патриарх видел его ректором возрожденной Московской духовной школы, которая в том же 1949 году переехала из Москвы в Троице-Сергиевскую лавру, лишь наполовину освобожденную от жильцов многочисленных коммунальных квартир. Поначалу отец Всеволод был назначен инспектором духовной школы. Патриарх понимал, что Церковь нуждается прежде всего в богословски образованных епископах и священниках. В годы сталинских репрессий подавляющее большинство епископата и духовенства, получивших образование в дореволюционных духовных школах, было физически уничтожено. Приходилось довольствоваться выжившими в годы репрессий обновленцами и их ставленниками. Патриарх понимал, что это рано или поздно приведет к деградации духовного сословия, приученного лишь к требоисполнению.
Но отец Всеволод слишком рьяно взялся за порученное ему дело, не понимая многих тонкостей тоталитарного советского общества, поскольку вырос и сформировался в свободной стране. Вскоре по настоянию уполномоченного по делам религий в 1951 году его перевели в Москву. Но он не потерял расположения патриарха – стал настоятелем Николо-Кузнец-кого храма, в котором сумел создать высокоинтеллектуальную и богословскую атмосферу. Постоянно сотрудничал с Отделом внешних церковных сношений и даже получил возможность выезжать за рубеж на богословские и экуменические конференции. Он получил богословское образование в Софийском университете в эпоху его расцвета, когда там преподавали Н.Н. Глубоковский и протопресвитер Георгий Шавельский. Которые, в отличие от него, не получили после окончания Второй мировой войны советского гражданства.
Отец Всеволод стремился занимать примиренческую позицию между тогдашними «государственниками», наиболее ярким представителем которых был ставший к тому времени митрополитом Никодим (Ротов), и «левыми», к которым он причислял священников Николая Эшлимана и Глеба Якунина. В то же время он не питал иллюзий относительно наличия канонического сознания у молодого епископата, в основном, из окружения митрополита Никодима. Более того, после доноса священника Анатолия Казновецкого, сопровождавшего митрополита Антония (Блюма) в период его пребывания в Москве в 1966 году, отец Всеволод по требованию митрополита Никодима написал развернутый доклад. В нем он постарался достаточно мягко и туманно разъяснить свою точку зрения на современный ему епископат. Отец Всеволод даже прибег к мнению профессора С.И. Троицкого, который приезжал иногда из Белграда в Москву, где читал лекции: «По его мнению, происходило это не от неинтеллигентное™ их (напротив, они были вполне интеллигентными молодыми людьми), а от того, что, будучи воспитанными в условиях еще не существовавшей никогда системы правоотношений, они приобрели совершенно новые «категории правового мышления», настолько своеобразные, что даже, как прежде казалось, само собой разумеющиеся правовые и церковно-правовые понятия в них не укладывались, и правопорядок в собственном смысле этого слова для них существовал один – государственный»1. В другом письме – митрополиту Антонию (Блюму) – отец Всеволод раскрывал, к чему приводит отсутствие канонического сознания у православного епископата: «И у вас, в русской и нерусской православной диаспоре, и у нас, внутри, в Русской Православной Церкви, подмена подлинной церковности самыми разными видами лжецерковности расцветала и продолжает расцветать особенно ядовитым цветом на почве действительно неправославного экклезиологического субординационализма. Того, который не только портит, а именно подменяет Церковь, как Жизнь подменяет формальным, на практике сделавшимся казарменнодисциплинарным и таким образом совершенно опустошенным принципом прежде всего подчинения»2.