9 сентября 1990 года произошла трагедия, всколыхнувшая христиан не только в СССР, но и за рубежом. Жизнь православного священника Александра Меня внезапно и трагически оборвалась ранним утром 9 сентября 1990 года. Накануне вечером он выступал с лекцией в Православном университете, созданным им осенью 1989 года, на Волхонке. Домой, в поселок Семхоз, неподалеку от Загорска, возвращался поздно и один. Вдова вспоминает, что придя домой, он был взволнован. Не раздеваясь, поднялся на второй этаж, всюду включил свет и лишь потом разделся. Может быть, убийцы поджидали его в этот вечер неподалеку от дома, намереваясь осуществить свой замысел, но тьма и незнакомая местность помешали им. Несомненно, отец Александр, всегда живший напряженной духовной жизнью, не мог не почувствовать надвигающейся опасности. И тем не менее, он не изменил ритма привычной жизни. Фотографии, которые были сделаны после его последней лекции, запечатлели на лице пастыря предчувствие трагедии. Рано утром 9 сентября он спешил на электричку, которая отходит от платформы в сторону Москвы.
Нанеся удар, убийца поднял с земли упавший портфель, а его сообщник спрятал под плащ саперную лопатку, оружие спецназа. Оба действовали слаженно, словно автоматы. Если бы в тот момент кто-то наблюдал из кустов, окружавших асфальтированную дорожку, ведущую к железнодорожной платформе, он наверняка бы подивился их хладнокровию. Было 6:30 утра. Недавно по этой дорожке прошел подросток и скрылся в густом молочном тумане. Убийцы словно соткались из темноты, когда на дорожке показалась плотная фигура священника в фетровой шляпе, с портфелем в руке. Было ясно, что они дожидались именно его. Как только он поравнялся с ними, они мгновенно зашли сзади и начали нагонять его. Один уже вынул остро заточенную саперную лопатку и занес ее над головой быстро идущего священника. Удар был неслышным. Сбитый с ног священник, обливаясь кровью, рухнул в траву неподалеку от тропинки у трех дубов. Портфель упал рядом, а шляпа, разрезанная словно опасной бритвой, откатилась в сторону. Все это заняло несколько секунд. Позади в тумане уже слышались шаги и голоса женщин, спешивших на электричку. Убийцы прибавили шагу и вскоре по каменной лестнице с полуразвалившимися деревянными перилами спустились на железнодорожную платформу. Профессионально окинув взглядом группу людей, ожидавших поезда, один из убийц на ходу поздоровался с еще не проснувшимся мужиком и вскоре, не снижая темпа, они пересекли железнодорожные пути.
Но священник вскоре поднялся и, несмотря на льющуюся кровь, продолжил путь к платформе. И только подходя к лестнице, обнаружил, что в руках нет портфеля. Он вернулся и растерянно начал искать портфель, не обращая внимания на струящуюся из раны на затылке кровь. К лестнице подошли женщины, спешившие в Троице-Сергиеву лавру, и увидели в тумане фигуру, залитую кровью. Задержавшись на мгновение, они вгляделись и узнали Александра. Одна из них спросила: «Что вы здесь ищете?» «Портфель», – растерянно ответил священник. «Вам помочь?» «Не надо, я сам», – ответил он и в этот момент наконец-то осознал, что случилось нечто непоправимое. Женщины растерянно поспешили вниз по лестнице, решив, что здесь орудует шайка бандитов. Одна из них беспокоилась о сыне, который вышел из дома раньше. Спустившись по лестнице, они натолкнулись на двух милиционеров. «Там человек, весь залитый кровью!» – обратились они к ним. «Мы здесь по другому делу. Ночью поездом сбило женщину, и мы ищем ее сумку», – ответили стражи закона и побрели к концу платформы. Священник, обливаясь кровью, изнемогая от нестерпимой боли, которая неожиданно охватила голову и опускалась к сердцу, побрел в сторону дома. Кровь уже пропитала черную водолазку, пиджак на спине и каплями сочилась на дорожку. И все же он добрел до дома и обессиленно рухнул на ворота. Собаки не залаяли. Воцарилась тяжелая тишина, изредка прерываемая тяжелыми хриплыми стонами. Где-то за лесом поднималось сентябрьское солнце, разгоняя туман.
Около ворот образовалась лужа крови – отец Александр погиб из-за огромной кровопотери. В это время в Сретенском храме его ждали прихожане – он должен был исповедовать. Литургию служил второй священник – отец Иоанн Пентьковский. После окончания литургии несколько встревоженных прихожан поехали в Семхоз. Там, узнав о трагедии, они отправились в Сергиев Посад. Пока в морге происходило вскрытие, прихожане заказали гроб в похоронном бюро, настояв, чтобы его обили белой тканью. В половине первого тело отца Александра было облачено и положено в гроб. Черты лица разгладились – отступил смертный ужас. Белое оно, без единой кровинки. Вместо катафалка, которого в Сергиевом Посаде не нашлось, милиция предоставила бронированную машину. На следующий день тело было перевезено в Сретенский храм и находилось там вплоть до 11 сентября.