В состав первой следственной группы вошли следователь по особо важным государственным преступлениям Московской областной прокуратуры, А.Н. Дзюба (руководитель); майор КГБ, Николай Иванов (тот самый, который начинал «узбекское дело» вместе с Тельманом Гдляном); следователь КГБ, Анатолий Мягченков, и ряд следователей Московского областного ОВД. Уже на третий день после убийства был арестован сосед отца Александра – уголовник Геннадий Бобков, который охотно сознался в совершенном преступлении: «Мотивы убийства – бытовые. Орудие убийства – топор». Слишком неубедительны показались поначалу мотивы убийства. Позже Бобков сознался, что его якобы нанял житель поселка Семхоз, работник Отдела внешних церковных сношений Московского Патриархата. Он часто бывал у отца Александра, дружил с ним. Мотивов для убийства не прослеживалось. Тем временем провели следственный эксперимент – вывезли Бобкова на место преступления. Эксперимент снимался видеокамерой. Ни одно из показаний Бобкова не подтвердилось, хотя был осушен пруд за домом, где жил отец Александр. Бобков утверждал, что он выбросил топор в этот пруд. Позже Бобков отказался от признательных показаний, заявив, что дал их под давлением со стороны следственных органов.
Первая публикация, посвященная расследованию убийства протоиерея Александра Меня, вызвала многочисленные отклики в прессе. Отмалчивался Комитет по свободе совести Верховного Совета РСФСР, а также аппараты обоих президентов – СССР и РСФСР, – отдавших личные распоряжения о расследовании убийства протоиерея Александра Меня. Критики справа и слева утверждали, что Россия не доросла до демократии. Один из важных признаков демократического общества – свободная пресса. Поскольку убийство отца Александра всколыхнуло все слои общества, освобожденная Михаилом Горбачевым пресса с первых же дней активно подключилась к расследованию загадочного убийства. В 1990 году российская пресса еще делилась на два стана – влиятельную партийную, коммунистическую, и свободную, демократическую, бывшую тогда в меньшинстве. Свободная пресса – «Московские новости», «Московский комсомолец», «Вечерняя Москва» – публиковали самые различные гипотезы и точки зрения. Партийная пресса придерживалась старых, испытанных традиций и публиковала только официальные точки зрения. Свободная пресса опережала следствие, особенно после февраля 1991 года, когда Московская областная прокуратура сменила руководство следственной группы, отстранив Анатолия Дзюбу. По сути, свободная пресса проводила свое собственное расследование – тут необходимо отдать должное новому руководителю следственной группы, Ивану Лещенкову. Он аккуратно собирал вырезки из газет и журналов и проверял новые сведения.
Многие зарубежные обозреватели сопоставляли убийство отца Александра Меня с убийством польскими спецслужбами популярного священника Ежи Попелушко. Действительно, убийство православного священника вызвало многочисленные отклики не только в нашей стране, но и за рубежом. Однако демократическая пресса довольно быстро утратила интерес к ходу следствия, и лишь партийная с завидным упорством продолжала предоставлять свои страницы руководителю следственной группы. В интервью еженедельнику ЦК КПСС «Гласность» Иван Лещенков на вопрос о причастности к убийству Бобкова заявил: «Серьезно говорить об этом не стоит. Сознавшийся, некто Бобков, – личность неуравновешенная. Все его утверждения были опровергнуты». Отца Александра хоронили 11 сентября, в день памяти усекновения главы Иоанна Предтечи. Вокруг небольшого деревянного Сретенского храма собралось несколько тысяч человек. Все хотели проститься с убитым – погибший был выдающимся пастырем, богословом и миссионером. На погребении отсутствовали его дочь и сын, находившиеся в Италии.
Отец Глеб вспоминал: «Когда я был депутатом Верховного Совета и работал в комиссии по ГКЧП, то имел честь забраться в архивы 5-го Управления 4-го отдела. Они касались в том числе и отца Александра. И потом в других архивах – Совета по делам религии и ЦК КПСС – было достаточно материала, говорящего о том, что было пристальнейшее внимание за его деятельностью. И серьезные есть основания считать, что это все-таки работа КГБ, что он являлся жертвой. И вот я могу сказать так, я не могу называть имена, но неофициально я могу сказать вам точно, что когда было организовано неофициальное, частное расследование, то к Баранникову, который в то время был председателем КГБ, подошел один бывший сотрудник спецслужб, который расследовал. Подошел к нему и спросил прямо: “Скажите, вот мы хотим все-таки добиться правды”. А Баранников ему сказал: “Знаешь что, дорогой? Не лезь в это дело. Это была спецоперация с Александром Менем, и лучше ты сюда больше не приближался”»7.