Поместный Собор открылся 7 июня торжественной литургией в Троице-Сергиевой лавре. Кроме соборян были допущены как наблюдатели три молодых сотрудника Издательского отдела РПЦ. После литургии было оглашено, что в результате тайного голосования на Архиерейском Соборе наибольшее количество голосов в первом туре набрали три кандидата – митрополит Киевский и Галицкий Филарет (Денисенко), митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Ридигер) и управляющий делами РПЦ, митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир (Сабодан). Предстоял второй тур выборов. В половине девятого вечера митрополит Антоний огласил итоги: триста восемнадцать голосовавших, триста двенадцать действительных бюллетеней; сто тридцать девять голосов за митрополита Алексия, сто семь – за митрополита Владимира и шестьдесят шесть – за митрополита Филарета. Вновь никто не набрал 50% голосов. В последний тур вышли митрополиты Алексий и Владимир, занимавшие пост управляющего делами Московской Патриархии (владыка Алексий с 1964 по 1986 годы, владыка Владимир – с 1986 года). Оба были хорошо знакомы епископату, клиру и мирянам и в равной степени прекрасно знали церковные проблемы. Уходя на ужин, участники Собора опускали в урны бюллетени с одним-единственным именем…
В десять часов вечера 7 июня открылось последнее заседание. После нескольких выступлений в прениях к микрофону подошел митрополит Сурожский Антоний и огласил результат голосования: количество голосовавших – триста семнадцать. Количество бюллетеней после голосования – триста семнадцать. Действительных бюллетеней – триста девять, недействительных – восемь. В результате: митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий – сто шестьдесят шесть голосов, митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир – сто сорок три голоса. Когда митрополит Филарет зачитывал Собору результаты подсчетов, голос его дрожал. Он был уверен в своей победе и не ожидал, что его обойдут два более молодых конкурента. Никто не обратил внимания, что в состав Счетной комиссии был кооптирован молодой и лично преданный викарий одного из претендентов на патриарший престол – митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, епископ Ладожский Арсений (Епифанов). В 22 часа 20 минут колокол Троице-Сергиевой Лавры возвестил об избрании пятнадцатого патриарха Московского и всея Руси. Им стал митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Ридигер). Процедура избрания патриарха заняла только один день. До сих пор непонятно, почему соборяне так спешили.
8 июня, второй день работы Поместного Собора, открыл новый председательствующий – митрополит Алексий, избранный патриархом Московским и всея Руси. В 12 часов митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий выступил с докладом о канонизации протоиерея Иоанна Сергиева (Кронштадтского). Общей темой всех выступлений второго дня стала проблема единства Церкви. Четыре направления, по которым эта тема развивалась, были подняты накануне: проблема униатов в Западной Украине, проблема так называемой Украинской автокефальной православной Церкви, проблема взаимоотношений с Русской Зарубежной Церковью и обсуждение опубликованного 5 июня 1990 года проекта Закона СССР о свободе совести и религиозных организациях. Все эти вопросы обсуждались участниками Собора в дискуссии по докладу патриаршего Местоблюстителя (7 июня) и по проектам послания и определений Поместного Собора.
В конце дня 8 июня Собор проголосовал за основные тезисы обращения в Верховный Совет и Совет Министров СССР по проекту Закона о свободе совести. В нем содержались три основные группы пожеланий: признание юридических прав за Церковью в целом, а не только за ее общинами, предоставление права преподавания религиозных предметов в школах (факультативно), признание за Церковью права собственности на церковные здания и другое имущество, которое пока лишь арендуется. Полный текст обращения редакционная комиссия подготовила позже6.