Вопросы законности и единства Церкви были затронуты и в ином аспекте – в связи с проблемой унии и Автокефалии на Украине. Многим запомнился спор, возникший 8 июня между архиепископом Виленским и Литовским Хризостомом и архиепископом Тернопольским и Кременецким Лазарем. Можно ли обращаться за поддержкой к государственным законам, к светской власти в случае возникновения межконфессиональных конфликтов? Владыка Хризостом ответил на этот вопрос отрицательно, архиепископ Лазарь – положительно. Большинство участников Собора, судя по продолжительности аплодисментов, стали на сторону владыки Лазаря, признав допустимым апелляцию к советскому законодательству в случаях захватов храмов и других противозаконных действий. Всеобщее внимание привлекло антиканоничное решение Синода Русской Зарубежной Церкви от 16 мая о создании в территориальных пределах Русской Православной Церкви своих приходов и иерархии. Участники Собора единодушно квалифицировали это решение как направленное к сеянию смуты и нового раскола уже на территории нашей Родины, подчеркнули, что оно будет стимулировать возникновение конфликтов, подобных суздальскому, где настоятель, архимандрит Валентин (Русанцов), вошедший в канонический конфликт с епископом, объявил о своем переходе в юрисдикцию Русской Православной Церкви за рубежом.
9 июня, в субботу, в Богоявленском патриаршем соборе новоизбранный патриарх Московский и всея Руси Алексий II в сослужении членов Священного Синода митрополитов Киевского и Галицкого Филарета, патриаршего Экзарха всея Украины, Минского и Гродненского Филарета, патриаршего Экзарха всея Белоруссии, Крутицкого и Коломенского Ювеналия, Ростовского и Новочеркасского Владимира, Одесского и Херсонского Леонтия, архиепископов Смоленского и Калининградского Кирилла, Ярославского и Ростовского Платона, Кировского и Слободского Хрисанфа, Тернопольского и Кременецкого Лазаря, епископов Пермского и Соликамского Афанасия и Брестского и Кобринского Константина совершил в 8 часов утра панихиду по почившим предстоятелям Русской Православной Церкви. Перед началом панихиды новоизбранный предстоятель Русской Церкви, Алексий II, обратился к верующим с кратким словом: «Поминайте наставников ваших, которые проповедовали вам слово Божие, и, взирая на кончину их жизни, подражайте вере их». Вечером состоялось всенощное бдение.
На следующий день, 10 июня, в Неделю Всех святых, в патриаршем Богоявленском соборе состоялась Божественная литургия с интронизацией новоизбранного патриарха, сослужили которому Святейший и Блаженнейший Католикос-Патриарх всей Грузии Илия II; представитель Патриарха Антиохийского при патриархе Московском, епископ Филиппо-польский Нифон; постоянные и временные члены Священного Синода, участвовавшие накануне в панихиде; многочисленное духовенство. 12 июня в патриаршей резиденции в Даниловом монастыре состоялась первая пресс-конференция патриарха Алексия II, в которой приняли участие митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим и архиепископ Смоленский и Калининградский Кирилл. Затем патриарх Алексий и постоянные члены Священного Синода посетили Успенский собор Московского Кремля, где отслужили молебен и поклонились святыням.
В тот же день в Кремле президент СССР, М.С. Горбачев, принял новоизбранного патриарха Московского и всея Руси Алексия II и постоянных членов Священного Синода митрополитов Киевского и Галицкого Филарета, патриаршего Экзарха всея Украины, Минского и Гродненского Филарета, патриаршего Экзарха всея Белоруссии, Крутицкого и Коломенского Ювеналия, Ростовского и Новочеркасского Владимира и архиепископа Смоленского и Калининградского Кирилла. Во второй половине дня в патриаршей резиденции в Даниловом монастыре состоялась встреча и беседа патриарха Алексия с епископатом Русской Православной Церкви. Спустя день патриарх Алексий отбыл в Ленинград на торжества, посвященные канонизации святого праведного Иоанна, пресвитера и чудотворца Кронштадтского. 21 июня 1990 года в московской резиденции Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий принял председателя Совета Министров РСФСР, И.С. Силаева. В ходе беседы обсуждались вопросы по широкому кругу проблем общественной жизни и социального служения, возрождения утраченных традиций, милосердия, христианской добродетели, трудовой морали.