Филарет смог удержать Иннокентия от выражения открытого протеста по поводу пропущенной светской цензурой книги Штиллинга с толкованием на Апокалипсис, хотя вред книги сознавал. Автор проводил ту мысль, что истинная церковь не есть ни восточно-греческая, которая после Константина Великого «пала» и сделалась «идолопоклонническою», ни западнолатинская, которая есть «блудница Вавилонская», но — церковь моравских братьев, или Гернгутерская. По убеждению Штиллинга, сие будет подтверждено вторым пришествием Христа в 1836 году. Дроздов знал от князя о влиянии Штиллинга на государя. Нетрудно было предвидеть последствия открытого возмущения Иннокентия — немедленное удаление из столицы в глушь. Так не лучше ли сохранить ревнителя православия для его дела?
— Уступаю тебе, но поверь, рано или поздно придет час решительного выбора,— с грустью говорил отец Иннокентий другу.
Тем временем возражения на книгу Штиллинга написал и послал на имя государя переводчик Медико-хирургической академии Степан Смирнов. Он был тут же изгнан из академии и пропал бы с семейством от голода, если бы не помощь графини Орловой-Чесменской. Экземпляр рукописи попал в руки Иннокентию, и он хотел пропустить ее в печать, но Дроздов отсоветовал, и его поддержал новоназначенный митрополит петербургский Михаил Десницкий.
Владыка Михаил с настороженностью относился к Дроздову, а его благоволение к Иннокентию Смирнову быстро росло. Первый был известен своей близостью к Голицыну, второй, напротив, неумеренной ревностью в борьбе с мистицизмом. Первый был чрезмерно молчалив и сдержан, а второй открыт и искренен, ему сразу верилось. Для митрополита то был лучший кандидат на место викария взамен Филарета.
Весною 1818 года архимандрит Иннокентий со сдержанной радостью сказал только вернувшемуся из Москвы Дроздову:
— Терпел я, по твоему внушению, и терплю, но не у всех достает терпения. Вот, изволь посмотреть. Некий Евстафий Станевич написал прекрасную книгу «Разговор о бессмертии души над гробом младенца». Это на смерть любимого дитяти статс-секретаря Кикина. Станевич его друг и в утешение родителей написал сие сочинение.
— Чувствую, брат, тебе понравилось.
— Да. Тут истинное чувство скорби и обличение духа времени. Полагаю, что сам написал бы иначе, но в качестве духовного цензора пропускаю без колебаний.
— Позволь...— Дроздов присел в кресло и быстро просмотрел рукопись.
Иннокентий знал, что премудрый Филарет найдет основания для критики. Книжка слабовата, но то был голос в защиту Православной Церкви. Иннокентий устал терпеть. Будь что будет, но необходимо открыть людям глаза на голицынское министерство.
— Сочинение сие слабо,— положил листы на стол Дроздов.— Фенелон назван «змием», философия Дютуа осуждается — а где тому доказательства? В нескольких местах есть противоречия с Символом Веры.
— Да что же я, Символа Веры не знаю? — обиделся Смирнов. - Там не противоречия, а неполнота толкования.
— Много выражений слишком оскорбительных для предержащей власти.
- А в целом сочинение безгрешное!
--Пусть так, но написано плохо, бессвязно и бездоказательно. - Что ж, не академическая диссертация, к коим ты привык.
-Ты подписал ее на выход?
- Она уже и типографии. Ты читал другой список... Знаешь, владыко Филарете, я бы, может, и терпел, кабы не случай с отцом Ионой. Я еще…- Смирнов запнулся.— Нет, ничего.
- Спаси тебя Господи! - перекрестил Дроздов товарища.
Смирнов умолчал, не желая говорить другу о своем письме к князю Голицыну, в коем он обличал пагубность мистического направления и заканчивал так: «Вы нанесли рану церкви, Вы и уврачуйте ее».
Письмо это показал Дроздову митрополит Михаил.
- Только что был у меня князь. Сам не свой. Вот, кричит, что пишет ваш архимандрит!..
- Владыко, отец Иннокентий поступил по сознанию справедливости.
-Всему есть мера и время! — сурово отрезал митрополит,— Мы живём не в горних высях, а в суетном мире, и главное дело наше, как поставленных архипастырей, сохранение Церкви Христовой, Сохраним Церковь — сохраним и веру. А восстановим против себя министра — он вовсе скрутит нас в бараний рог, да и заменит своими пастырями... Непросто, ох непросто... Вразуми нас, Господи!
Дроздов поехал на Фонтанку, но Голицын впервые его не принял, хотя и просил приехать попозже. Князь был обидчив и самолюбив. Он сознавал, что чувства сии недостойны истинного христианинa, и боролся с ними, но — слаб человек. В свое время митрополиту Амвросию так и не смог простить, что тот отказался в первый год его обер-прокурорства переместить одного священника, за которого просила знакомая князя и которой он уверенно обещал все исполнить. Поступок ректора семинарии был много хуже.