Подобно многим слабым натурам, Бухарев был ослеплен одной идеей и ничего больше вокруг не видел: он со страстью погрузился в толкование Апокалипсиса, наивно уверенный, что именно ему суждено открыть людям истину. Академическое начальство издавать толкование отказывалось и не советовало показывать митрополиту. Отец Феодор не отступал.
Филарет прочитал толкование и при возвращении сказал лишь: «В уме ли он?» Известно было, что сосредоточенное углубление в Апокалипсис часто оказывалось преддверием к сумасшествию. Митрополит поручил молодого профессора одному
духовному старцу из Чудова монастыря, однако самолюбие профессора не захотело смириться перед простым иноком. Вскоре архимандрита перевели в Казанскую академию. По-человечески митрополиту жаль было Бухарева, но для дела были опасны сия пылкая простоватость, сия одержимость своей идеей в ущерб внутреннему, духовному деланию (сжег же мирянин Гоголь второй том своего романа).
От торговых рядов отец Феодор торопливо зашагал в сторону Волги, к Иерусалимской слободе, расположенной в версте от города. Мороз был невелик, падал редкий снег, и сквозь снежную дымку дивными видениями выступали одна за другой церкви и колокольни.
Отец Феодор останавливался перед каждой церковью, перекладывал узелок с книгами из правой в левую руку, истово крестился и шел дальше. Будь время, обошел бы все, от храмов Димитрия на Крови, Корсунского, Предтеченского до Алексеевского и Воскресенского монастырей с их церквами и соборами. Но он спешил.
В овраге за городской чертой дорога оказалась раскатанной санями, архимандрит поскользнулся, упал и выронил узелок. Мгновение ужаса и отчаяния: рукопись! В узелке кроме Библии и книги Исаака Сирина находился единственный полный экземпляр его толкования на Апокалипсис. Бросившись на наст, отец Феодор схватил дорогую ношу. Распевая в голос «Да святится имя Господне», он отправился дальше.
Вдруг разом и неожиданно оказалась сломанной его жизнь. Всего три года назад многие прочили ему архиерейство, да и сам отец Феодор был уверен в своем пути, как служебном, так и духовном. Давнее перемещение Филаретом московским от Троицы в Казань обернулось к лучшему. Помимо должности инспектора, Бухарев вошел в руководство академическим журналом, стал цензором при академии. С улыбкою вспоминались предостережения товарищей при его пострижении: «Ты будешь несчастен!.. Сам не знаешь, что делаешь!.. Ты погибнешь, или с ума сойдешь, или сопьешься!..» А спустя двадцать лет никто не удивился награждению его орденом Святой Анны 2-й степени и последовавшему за тем переводу из Казани в Петербург для работы в духовной цензуре.
В цензурном комитете к нему относились как к послушной детали огромного механизма, не имеющей, да и не могущей иметь своих мыслей и чувств. Между тем страстное желание сказать свое слово и уверенность, что слово это правильно, требовали выхода. Невзрачная внешность и слабый голос препятствовали его приглашению в столичные храмы для произнесения проповеди. Но ведь он не хуже иных-прочих.
В 1680 году отец Феодор издал книгу своих статей «О современности в отношении к православию», равнодушно встреченную церковными людьми и с издевательской насмешкою журналистами. Ядовитый и злобный Виктор Иванович Аскоченский, редактор духовного журнала «Домашняя беседа», вцепился в отца Феодора, найдя в нем объект для глумления. Многословные и ложно многозначительные статьи, право же, не заслуживали такого внимания, но автор ценил их иначе. Ему доставляло физическое страдание одно воспоминание о критике недоучки семинариста, объявившего его самого «трусом, ренегатом и изменником православия», ибо, по мнению ханжи, нельзя одновременно и ратовать за православие, и протягивать руку нашей новой цивилизации. Необъяснимым образом Аскоченский оказался в любимцах митрополита Исидора. Бухарев полагал, что мнения журнальных писак не всесильны, но ошибся: Синод запретил к изданию его толкование на Апокалипсис. Это был конец всему.
К тому времени архимандрит Игнатий по желанию императрицы-матери был возведен в сан епископа и направлен в Ставрополь. По дороге в епархию, в Москве новопоставленный владыка пользовался гостеприимством московского святителя. Немало вечеров отдано было разговорам, в которых Брянчанинов высказывал давно
обдуманное и с некоторым удивлением видел, что престарелый митрополит, несмотря на слабость и уединенный образ жизни, хорошо осведомлен о текущих событиях и во многом разделяет его безрадостные оценки.