Пик его творческой деятельности выпал на начало 70-х годов. В 1973 году в Германии вышла его книга «Почему и я христианин», этим же годом датирована его работа «Общая исповедь». Протоиерей о. Александр Шмеман в предисловии к книге «Почему и я христианин» написал: «Перед нами свидетельство о возрождении …религиозной мысли в России. Эта книга оставляет впечатление света, радости, неумирающей надежды… нашелся брат и друг, с которым, возможно, не суждено встретиться в этом мире, но с которым соединяет неумирающий, единственный, животворный опыт «пресветлой красоты Христовой». В этот же период отец Сергий инициировал переписку между интеллектуалами Москвы и Ленинграда, позже получившую название «Христианство и атеизм». Отрывки из этого объемного труда публиковались в парижском журнале «Вестник русского христианского студенческого движения». В этом же журнале были опубликованы отрывки из его блистательной книги «Литургические заметки». В 1973 году вместе с Анатолием Эммануиловичем Красновым-Левитиным и другими одиннадцатью советскими интеллигентами он вошел в состав созданной московской группы «Международная амнистия». Так оказалось, что Русская Православная Церковь, которую в те годы обвиняли в приспособленчестве и конформизме, была представлена в правозащитном движении священником Сергием Желудковым. Его книги до сих пор вызывают споры. Особенно востребованной оказалась его книга «Литургические заметки»7.
Основное его творческое наследие издано уже после крушения СССР. Хотя его «Общая исповедь» несет подзаголовок «пособие для священников», это скорее вынужденная конспирация советских времен. В те годы, если во время обыска изымалась самиздатская брошюра и на ней значилось имя автора, его неминуемо вызывали на допрос и даже могли возбудить уголовное дело. Отец Сергий прекрасно понимал это и в данном случае мог спокойно отвечать, что его брошюра адресована только духовенству Так укрывал свои работы его современник – ученый-химик, христианин-миссионер Николай Пестов. Книга отца Сергия «Почему и я христианин?» – своеобразный полемический вызов английскому философу Бертрану Расселу, издавшему книгу «Почему я не христианин?» и переведенную в СССР, была издана в Западной Германии издательством «Посев» в 1973 году, а переиздана в России в 1996 году. Благодаря хлопотам Краснова-Левитина в Швейцарии в 1980 году был издан первый том организованной им с интеллигентами Москвы и Ленинграда переписки под общим названием «Христианство и атеизм»8.
Отец Сергий был отважным человеком. Когда мне приходилось навещать его в Пскове, во времена зимнего одиночества, иногда наблюдал тяжелую борьбу со страхом. Позже я размышлял над словами Апокалипсиса, которые ставят в один ряд трусов с предателями, идолопоклонниками, убийцами и развратниками. (Откр. 21, 8). В синодальном переводе – «боязливых». Малодушие – один из самых распространенных и часто не замечаемых нами грехов. Его считают скорее «грешком», нежели серьезным грехом. Общаясь с отцом Сергием, я не мог бы назвать его бесстрашным человеком. Он прекрасно знал, что такое испытание страхом и насколько оно тяжело. Он вынужден был постоянно бороться с ним, но каждый раз побеждал. Для него не было секретом, что за ним постоянно следят. Еще бы – на весь Псков один-единственный диссидент. Мне рассказывали забавный случай, когда работники КГБ лютой зимой приехали проверить своего «подопечного». И были потрясены – температура в доме почти не отличалась от уличной. Печь не топилась, поскольку у него не было денег на дрова.
В признании-покаянии Виктора Красина, в прошлом одного из активных участников диссидентского движения, рассказывается, как он в 1972 году, не выдержав давления в ходе следствия, из малодушия и страха, раскаялся в своей деятельности, назвал при этом многих участников и призывал их на очных ставках прекратить борьбу с властями. Но вот как, по его же свидетельству, вел себя при этом Желудков: «…о. Сергий отказался подтвердить мои показания. Он говорит, что он священник и его убеждения не позволяют ему давать показания на арестованных. Он грустно смотрит на меня. Вмешивается Александровский (следователь) и начинает грубо на него нажимать. У отца Сергия дрожат руки. Он говорит, что у него нет самиздата и ему нечего сдавать»9.