В 1959 году его прихожанка в Великих Луках, с детских лет страдавшая заболеванием позвоночника, чудесным образом выздоровела после того, как ее под руки провели вокруг часовни блаженной Ксении Петербургской. С тех пор она стал ходить. Девушку обвинили в распространении ложных слухов, завели против нее уголовное дело. Пытаясь защитить ее, отец Сергий обратился в ряд высоких инстанций. Более того, направил рапорт на имя Святейшего патриарха Московского и всея Руси Алексия I: «…в сентябре сама больная и близкие к ней люди, посещая храм, неоднократно сообщали мне, что больная подвергается тайным преследованиям и даже насилиям со стороны местных работников государственной безопасности, которые будто бы вынуждают ее отречься от своих религиозных убеждений. Будучи глубоко взволнован этими сообщениями, я по долгу совести обратился с жалобами в Центральный и областной комитеты КПСС, а также в центральный и областной органы государственной безопасности, с копией, конечно, моему епископу…»5
Вряд ли соотечественники, жившие в те страшные годы, смогут забыть их. Вряд ли смогут понять ту атмосферу сковывающего, жуткого страха поколения, которые выросли после крушения СССР. Кары обрушились на голову непокорного священника. Как он осмелился пожаловаться на действия госбезопасности? Отца Сергия отстранили от священнического служения, возбудили против него уголовное дело о клевете. К счастью, дело вскоре прекратили, но справку о регистрации, без которой ни один священник не мог служить на территории СССР, отобрали. Отец Сергий принадлежал к категории «неудобных людей». Его «обличали» за неуживчивость даже собратья-священники. Лишь два года прослужил он в Любятове. 10 января 1956 года был уволен за штат. Потом были попытки служить в Смоленске, в кафедральном соборе (с 24 апреля 1956 по 1 января 1957 года), Веневе, Тульской епархии (с 15 мая 1957 по 8 января 1958 года) и, наконец, в Великих Луках (с 14 ноября 1958 по 9 февраля 1960 года), где произошло его столкновение в разгар «хрущевских» гонений на Церковь с власть предержащими. После этого он единожды попытался устроиться и подал прошение во Владимирскую епархию.
В марте 1960 года был назначен священником в погост Заболотье, но прослужил лишь три месяца, после чего был запрещен в священнослужении. Неоднократно он пытался восстановить регистрацию, но все его попытки завершились неудачей. Он смирился, оформил мизерную пенсию (60 рублей), хотя хлопоты длились несколько лет.
В годы «хрущевских» гонений он активно выступал в защиту Церкви. Только за полгода, с октября 1958 по май 1959 года отпало от Церкви девять человек, среди них – профессор Ленинградской Духовной Академии Александр Осипов и молодой богослов из Саратовской семинарии Евграф Дулуман. Заявил о своем отходе от Церкви и священник Павел Дарманский, с которым отец Сергий учился в Ленинградской духовной семинарии. Он опубликовал в советской прессе статью «Почему я порвал с религией». Отец Сергий счел своим долгом ответить бывшему соученику. Так в Самиздате (отступники получили возможность открыто выступать со своими разоблачениями в советской прессе, тогда как верное Церкви духовенство не имело такой возможности) появилось первое его публичное выступление, обращенное к ренегату Дарманскому. Хотя оно не было подписано, подавляющее число духовенства прекрасно знало автора.
В своем письме отец Сергий писал: «…Нельзя научно доказать бытие Божье. Но нельзя научно доказать и обратного. Какая свобода для нашего выбора!» Отвечая на упреки Дарманского в адрес духовенства, отец Сергий глубоко заметил: «…если мы ведем себя недостойно, то это обратным способом показывает глубочайшую жизненность и правду святыни, которая не умирает в душе народа вопреки всему нашему недостоинству. Но я лично знаю, и Вы лично знаете многих священников, которых Вы незаслуженно оскорбили этим заявлением»6. А в 1968 году отец Сергий выступил с открытым письмом к правозащитнику Павлу Литвинову, предлагая ему поддержку. Он также обратился с письмом к зарубежным священнослужителям, в том числе к профессору Громадке, который возглавлял общественную религиозную организацию – Христианскую мирную конференцию с призывом выступить в защиту заключенного Анатолия Марченко и других советских правозащитников. Отец Сергий считал, что границы Церкви гораздо шире, чем это принято считать и включал в Нее всех «людей доброй воли». В письме к Литвинову он так выразил свое мнение: «Сегодня в России очень многие называют себя атеистами только по недостатку образования».