Несомненная вина в сложившемся положении – на КПСС и подотчетных ей органах государства. Но несомненно и то, что сами религиозные объединения не знают всей правды о своих сотрудниках. Люстрация церковной агентуры могла бы быть жестким, даже жестоким актом по отношению к Церкви, и без того много пострадавшей. Комиссия считает, что лучше если верующие сами найдут способ очищения от привнесенных антиконституционных элементов. Но, к сожалению, руководство Церкви до сих пор не высказало официального отношения к проблеме своей деполитизации. Референт патриарха Алексея II, диакон Андрей Кураев, объявил публикации о материалах Комиссии гонением на Церковь и даже «триумфом» самого КГБ («Московские новости» № 10 за 1992 год). Однако архиепископ Вильнюсский Хризостом по существу опроверг диакона Кураева и рассказал о своем восемнадцатилетнем сотрудничестве с КГБ. Ввиду отсутствия официальной точки зрения руководства Церкви Комиссия рекомендует внести в канонические и гражданские уставы запреты на тайное сотрудничество ответственных работников Церкви с органами государства. Ввиду отсутствия официальной точки зрения руководства Церкви Комиссия рекомендует внести в канонические и гражданские уставы запреты на тайное сотрудничество ответственных работников Церкви с органами государства, а также изучить предшествующую деятельность своих органов управления и международных отделов в свете соответствия этой деятельности конституционному принципу отделения Церкви от государства. Со своей стороны, для устранения опасности использования Церкви в антиконституционных целях, Комиссия предложила внести поправки в действующее законодательство, воспрещающие привлекать священнослужителей к оперативно-розыскной деятельности. Однако добиться практического исполнения этого положения можно только при запрете с обеих сторон – и со стороны государства, и со стороны самой Церкви. Комиссия выражает надежду, что РПЦ сможет преодолеть тяжелое наследие прошлого»10.
Проигнорировать частное определение Парламентской комиссии было очень трудно в те времена неслыханной свободы. Тем не менее, выводы и рекомендации комиссии были оставлены без внимания. 11 июня 1992 года был созван Архиерейский Собор – второй в том году. На нем рассматривались проблемы, связанные к расколом на Украине. Проблемы, связанные с сотрудничеством православных иерархов с КГБ, не рассматривались на Соборе. Хотя, казалось бы, в своих интервью архиепископ Хризостом провел четкое разграничение между двумя понятиями – «стукач» и «агент». «Стукач» – это состояние души, как выразился один остроумный человек. «Агент» – завербованный человек, часто в силу каких-то тяжелых личных обстоятельств. Достаточно было поднять архивные материалы КГБ, чтобы понять, кто «стучал» по велению сердца, а кто – скрепя сердце, вынужденно писал отчеты о своих зарубежных командировках, стараясь не опорочить тех людей, с которыми приходилось общаться. Созданная на весеннем Архиерейском Соборе комиссия оказалась мертворожденной. Не было проведено ни одного совещания. Роль первой скрипки в этой комиссии играл викарий патриарха – епископ Истринский Арсений (Епифанов). Он считал, что ни к чему поднимать архивы и разбираться в деяниях советского епископата. Более того, было оказано давление на председателя Верховного Совета РСФР, Руслана Хасбулатова, и осенью 1992 года Парламентская комиссия прекратила свою деятельность11.
В бывших странах социалистического лагеря, а затем и в республиках Советского Союза постепенно начали раскрывать и публиковать архивы госбезопастности. В декабре 2017 года российский историк Андрей Берман опубликовал архивный документ 2 управления НКГБ СССР, в котором рассказывалось о планах чекистов «подобрать кандидатов» для отправки на Поместный собор РПЦ 1945 года. Этот собор стал первым после знаменитой «встречи Сталина со священниками» и фактической легализации советскими властями Московского патриархата и последним перед окончательной ликвидацией в качестве отдельной структуры Обновленческой церкви, созданной большевиками в 1922 году. В конце документа предписывалось: «Всем агентам из числа епископов, участников пред-соборного ноябрьского совещания по прибытии в Москву связаться с работниками 5 Отдела 2 Управления НКГБ СССР»12.