Вернувшись в столицу, патриарх предпринял ряд попыток вмешаться в конфликт. В резиденции патриарха в Даниловском монастыре проходили переговоры представителей президента Бориса Ельцина и Верховного Совета РСФСР. Патриарх лично принимал участие в переговорах, стремясь примирить враждующие стороны. К сожалению, Отдел внешних церковных сношений предоставил на роль переговорщика от РПЦ крайне неудачную кандидатуру иеромонаха Феофана (Ашуркова). Он попытался вести переговоры с вице-президентом Александром Руцким и председателем верховного Совета, Русланом Хасбулатовым. В Даниловом монастыре продолжились переговоры представителей противоборствующих сторон, но они не привели к соглашению.
Октябрьский мятеж завершился расстрелом Белого дома, где укрылись мятежники, из танков. В это время я был в Москве. Видел вооруженных марширующих фашистских молодчиков, направлявшихся к Белому дому. Танки, обстреливавшие в центре Москвы парламент, приводили в шок. Казалось, что я вижу страшный сон, который должен немедленно оборваться. Иностранные телевизионные компании, установив телекамеры на крышах домов вокруг парламента, показывали текущие события в реальном времени. Позже я узнал, что, сидя в своей квартире у телевизора, неподалеку от Белого дома, и наблюдая обстрел парламента, скончался от сердечного приступа мой сокурсник, человек спортивный и физически крепкий. Александр Коржаков, начальник личной охраны президента, после танкового обстрела повел на штурм парламента бойцов спецназа. К вечеру бойцы начали выводить пленных защитников Белого дома. В этот день произошло крушение последних надежд на то, что Россия, после всех коммунистических кровавых экспериментов, сможет найти мирный выход. Этот день разделил общество надвое, на два непримиримых лагеря. В Белом доме находились и мои друзья – иеромонах Никон (Белавенец) и Виктор Аксючиц. В другом лагере – священник Глеб Якунин и Валентин Юмашев.
В конце сентября и начале октября 1993 года Российское государство пережило один из самых трагических политических кризисов в своей новейшей истории: противостояние исполнительной и законодательной властей. Пролилась кровь, но все-таки не случилось худшего – полномасштабной гражданской войны. Патриарх Алексий II понимал все сложности, связанные с жизнью Церкви в новой России. После торжеств, посвященных празднованию тысячелетия Крещения Руси, и неудавшегося путча 1991 года, страна пережила очередную катастрофу, которая надолго расколола общество. Ситуация октября 1993 года весьма показательна. Но патриарх сделал необходимые выводы, и с тех пор священнослужители РПЦ на территории России не принимают участия в политической жизни страны. Безусловно, патриарх понимал необходимость развивать духовное образование, поднимать образовательный и духовный уровень священнослужителей, строить новые храмы. Но он также понимал, что молниеносно этого не сделать, что уровень священников во многом не соответствует тем задачам, которые перед ними стоят. Патриарх не стремился революционным путем решить эти задачи. В результате катастрофы 1993 года прекратил существование Верховный Совет, была принята новая Конституция, проведены выборы в V Государственную Думу и Совет Федерации.
4 октября 1993 года у здания Моссовета собрались сторонники Ельцина. Митинговали и праздновали его победу. Выступили лидеры «Демократической России» – Лев Пономарев и Глеб Якунин. И вдруг, как гром среди ясного неба, 8 октября 1993 года на очередном заседании Священного Синода священник Глеб Якунин был лишен священного сана «за отказ подчиниться требованию о неучастии православных клириков в парламентских выборах». Он не признал законным это решение Синода и заявил, что непременно продолжит борьбу за «депутатский мандат в первый демократический парламент России». Однако первые выборы в Государственную Думу после упразднения Верховного Совета РСФСР продемонстрировали, что партия власти не пользуется поддержкой избирателей. Больше всего голосов – пятьдесят девять – набрала никому дотоле неизвестная Либерально-демократическая партия, созданная в недрах КГБ и возглавляемая талантливым демагогом, Владимиром Жириновским.