Отец Глеб посвятил немало времени и сил для разыскания документов, подтверждающих сотрудничество церковных иерархов с КГБ. Карточки агентуры были уничтожены, а к архивам КГБ его не подпускали. Оставались архивы ликвидированного Совета по делам религий и ЦК КПСС. В 1991 году Совет был лишен регистрационных, распорядительных и контролирующих функций. Он был призван обеспечивать «права граждан на свободу совести, их равноправия независимо от отношения к религии, равенства всех религий и вероисповеданий перед законом, соблюдения принципов отделения церкви от государства и школы от церкви, а также укрепления взаимопонимания и терпимости между религиозными организациями различных вероисповеданий внутри страны и за границей». А 14 ноября 1991 года Совет был упразднен. По сути, отцу Глебу оставалось довольствоваться лишь крохами. Но даже эти крохи были весомым доказательством, что КГБ контролировал всю деятельность иерархов РПЦ. Кое-какие находки стали просачиваться в прессу5. РПЦ откликалась вяло.
«…На вопрос, в какой степени КГБ контролировал в прошлом деятельность Русской Православной Церкви митрополит Кирилл (Гундяев) ответил, что в условиях тоталитаризма и моноидеологии государство пыталось контролировать любую сферу общественной жизни, используя для этого все имевшиеся у него в наличии средства. Вопросами церквей и религиозных объединений у нас занимался Совет по делам религий. В его составе были, как стало ныне известно из прессы, сотрудники КГБ. В этом смысле, безусловно, можно говорить о жестком контроле и многочисленных запретах, которые калечили жизнь нашей Церкви. Но столь же непреклонно подавлялись и все другие формы общественного сознания. К сожалению, интервью в целом вызывает впечатление огульного осуждения служителей Церкви, что очень похоже на атеистические кампании в газетах и журналах на рубеже пятидесятых и шестидесятых годов, когда использовались обвинения в безнравственности духовенства для дискредитации Церкви и веры в глазах народа Правда, в те времена вместо связей с КГБ говорилось о связях с империализмом, но даже тогда не утверждалось, что порочащие связи имеет каждый второй священник…»6
Пик известности и популярности Парламентской комиссии по расследованию пришелся на первую половину 1992 года. В газете «Известия» 22 января 1992 года депутатом ВС РСФСР, Вячеславом Полосиным, был опубликован обширный материал «Вечный раб ЧК». В начале февраля в редакции журнала «Столица» прошел круглый стол, в котором участие принимали от Московской патриархии игумен Иоанн (Экономцев) и диакон Андрей Кураев, а также церковные инакомыслящие. Обсуждались во время «круглого стола» все точки зрения на проблему КГБ—Церковь. Публицист Александр Нежный был одним из немногих христиан, которые призывали не рубить сплеча: «Мы имеем дело с ситуацией уникальной, трагической. Непросто привести пример в истории христианской Церкви, когда вскрывается такое падение, обнажаются такие язвы. Но именно поэтому надо весьма сдержанно и очень трезво подходить к явлениям, которые сейчас стали достоянием общества. Потому что при всем том, что, как я сказал, является трагедией для народа, для общества и, в первую очередь, для Церкви, – при всем этом надо понимать чрезвычайно сложное положение священнослужителей. Не каждый из них, я думаю, шел на сотрудничество с КГБ… Наиболее яркие образцы такого служения партии и государству мы видим в лице митрополита Киевского Филарета, митрополита Волоколамского Питирима… Но многие несли эту повинность, как крест, и сейчас, я думаю, с большим внутренним облегчением воспринимают все последние известия. Архиепископ Саратовский Пимен (Хмелевской) написал мне недавно: «Иные из нас были, как солдаты, захваченные в плен, но не изменившие своему Отечеству, а многие были солдатами, которые это Отечество предали». И добавил, что нам не нужны ни «антоновы», ни «аббаты»…7
Парламентская комиссия открыла также, что и патриарх Алексий сотрудничал с КГД, избрав кодовое имя «Дроздов». Но этот факт не был предан общественной огласке, потому что, как считает Брюс Кларк, «о. Глеб Якунин… считал патриарха Алексия в некотором роде более просвещенной личностью, чем большинство его коллег по Священному синоду, организации из тринадцати членов, непочтительно называемой им «Митрополитбюро». Вполне возможно, что эта избирательная утечка информации помогла бы патриарху получить превосходство перед своими соперниками, когда бы это ему потребовалось»8.