А.Н. Яковлев снисходительно относился к пьянству первого президента России. Но для страны этот порок оказался губительным – в подпитии Ельцин раздаривал (чаще всего – проходимцам) направо и налево заводы, нефтяные скважины, богатейшие месторождения. В годы его правления в России появились миллиардеры и миллионеры, которые обогатились в одно мгновение. Повальная приватизация, прокатившаяся по стране в начале 90-х годов, привела к обнищанию основной части населения. Александр Яковлев вспоминал: «Новый режим увязал в интригах, слухах, нашептываниях и подсиживаниях, которые по своим объемам и бессовестности превосходили все мыслимые границы. Хочу определенно сказать, что в составе перестроечного Политбюро подобного размаха мерзостей и представить было невозможно. Дворцовые интриги, конечно, существовали и тогда, но они были утонченнее и не столь наглые. Существо то же самое, но нынешние формы номенклатурных игр настолько подлые, что вера в человека испаряется еще быстрее, чем раньше»3.
Летом 1990 года священник Глеб Якунин вместе с депутатом Верховного Совета РСФСР и основателем Российского христианского демократического движения, Виктором Аксючицем, находился в США. Там он встречался с представителями Русской Православной Церкви за рубежом. В том числе с предстоятелем РПЦЗ, митрополитом Виталием (Устиновым). В эти годы представители РПЦЗ активно открывали параллельные приходы на территории СССР. Аксючиц вспоминал: «Глеб Якунин яростно убеждал владыку Виталия активно открывать приходы РПЦЗ в СССР. Он считал, что Московская патриархия – давно уже не Церковь, ибо все ее руководство – агенты КГБ». В октябре 1990 года РХДД стало одним из инициаторов создания движения «Демократическая Россия» и вошло в него как коллективный член. Внутри «Демократической России» РХДД занимало особые – национал-либеральные – позиции. В августе 1991 года священник Глеб Якунин покинул ряды этой партии. В апреле 1991 года совместно с Демократической партией России РХДД создало Конструктивно-демократический блок «Народное согласие». Вместе с остальными партиями блока «Народное согласие» РХДД выступало за подписание Союзного договора и за сохранение в составе Союза максимально большего числа республик и территорий. В случае отделения республик от СССР Виктор Аксючиц считал необходимым пересмотр межреспубликанских границ в пользу России. С осени 1990 года священник Глеб Якунин стал сопредседателем координационного совета движения «Демократическая Россия», а с февраля 1992 года – сопредседателем Совета представителей движения «Демократическая Россия».
После путча священник Глеб Якунин стал одним из членов Парламентской комиссии, которой было поручено разобраться в причинах путча и о роли КГБ в подготовке государственного переворота. Лев Пономарев позже вспоминал: «Парламентская комиссия была создана 6 сентября 1991 года. Нам надлежало изучить причины и обстоятельства путча и затем предложить соответствующие рекомендации касательно изменения законодательства Российской Федерации, ее силовых структур и некоторых государственных ведомств – чтобы события августа 1991 года не могли бы никогда больше повториться. Это была наша главная цель. Мы достигли ее работой в архивах КГБ и оглаской его оперативных документов. В частности, мы нашли доклады четвертого отдела Пятого Управления – того самого отдела, что занимался церковными делами. По нашему мнению, эти документы были составлены в довольно беспечной манере, что сделало задачу расшифровки имен агентов особенно сложной. Встал вопрос: нужно ли называть некоторых из них? Я думаю, что если мы честно и открыто скажем, что такие-то и такие-то люди должны быть удалены с государственных должностей, занимаемых ими благодаря их связям с КГБ, это будет правильно понято нашим обществом. Я настаиваю, чтобы это касалось лишь самого узкого круга бывших агентов, следовательно, не всех их. Чем раньше мы это сделаем, тем лучше. Конечно, все, что я сказал, касается руководства Церкви»4.