Возникало ощущение, что иерархи РПЦ всячески стремились замять расследования Парламентской комиссии. Но как гром среди ясного неба прогремело интервью архиепископа Литовского и Вильнюсского Хризостома (Мартишкина), которое он дал корреспонденту газеты «Русская мысль», Михаилу Поздняеву, 24 апреля 1992 года. Недавно завершил работу Архиерейский Собор РПЦ, заседавший с 31 марта по 5 апреля 1992 года. Среди рассматриваемых на Соборе вопросов, помимо дарования Автокефалии Украинской Церкви, стоял вопрос и о работе Парламентской комиссии. Архиепископ Хризостом в интервью Михаилу Поздняеву поведал о своем выступлении на Соборе: «Среди нас, архиереев, а уж тем более среди священников, есть масса людей недостойных, аморальных. Вот эту их аморальность, пользуясь отсутствием у нас церковного суда, и использовал КГБ. Их защищали от нас, правящих епископов, чтобы мы не могли их наказывать в соответствии с канонами церковными… И вот я призвал на Соборе, чтобы мы сделали какое-то заявление о необходимости от всего этого очиститься. Тот, кто поступал недостойно, – чтобы мы сами применили к нему должные меры, как применили, допустим, к бывшему Хабаровскому епископу, Гавриилу. А дальше – по ходу поступления информации, документов, изучать эти вопросы глубже, полнее…
…Я был вынужден дать подписку, что буду информировать КГБ… Если я в донесениях о ком и говорил плохо – то прежде всего о врагах Церкви, о тех же КГБшниках, внедренных в Тело Церковное. Я их всех знал, потому что они и не таились. Их не нужно было высчитывать, а сразу видно было, кто из них настоящий агент. По поступкам. Потому-то о них я всегда говорил на собеседованиях в КГБ плохо. Я пошел на эти контакты, уже будучи епископом.. Пусть вскроют архив КГБ – посмотрят то, что я давал, и то, что на меня давали! И я уверен: чаша весов будет в мою пользу… Общественный строй сформировал нас всех так, что мы – испорченные в какой-то степени. И сегодня, пожалуй, нужно не требовать от нас, служителей Церкви, слишком многого, по максимуму…»9
Эти признания одного из наиболее уважаемых епископов РПЦ замолчать было невозможно. В апреле 1992 года Архиерейским Собором Русской Православной Церкви была создана Комиссия по изучению деятельности спецслужб в Русской Церкви. Ее главой был избран молодой епископ Костромской и Галичский Александр (Могилев). До своего роспуска в сентябре 1992 года Комиссия президиума Верховного Совета РФ по расследованию причин и обстоятельств ГКЧП обнародовала частное определение, подписанное председателем комиссии Львом Пономаревым: «Комиссия обращает внимание руководства РПЦ на антиконституционное использование ЦК КПСС и органами КГБ СССР ряда церковных органов в своих целях путем вербовки и засылки в них агентуры КГБ… Через посредство агентуры держались под контролем международные религиозные организации, в которых участвовала и РПЦ: Всемирный Совет Церквей, Христианская Мирная Конференция, Конференция Европейских Церквей. Член Политбюро ЦК КПСС, председатель КГБ СССР, Ю. Андропов, докладывал ЦК КПСС о том, что КГБ держит под контролем отношения РПЦ с Ватиканом. Такая глубокая инфильтрация агентуры спецслужб в религиозные объединения представляет собой серьезную опасность для общества и государства… Как показал государственный переворот 19-21 августа 1991 года, возможность использования религии в антиконституционных целях была реальной…