Реакция православного духовенства и мирян на это исключительной редкости событие была неоднозначной. Одни одобрили «извержение от сана» отца Глеба, другие посчитали это решение личной местью части епископата за раскрытие их сотрудничества с КГБ. Церковный историк Дмитрий Прспеловский вспоминал, что через несколько дней после заседания ноябрьского Синода, находясь на конференции, посвященной вопросам отношений Церкви и государства в Вашингтоне, Якунин «объяснил снятие сана как политическое гонение Синода лично на него за демократические взгляды и критику синодальной политики». Лишение сана было воспринято Зарубежной Церковью как преследование реакционным Синодом старого диссидента и узника брежневско-андроповских лагерей, борца за права человека. По мнению Поспеловского, «почву подобным кривотолкам подал сам Синод, нарушивший канонические правила и не прибегший к подлинному судопроизводству»2. На самом деле Священный Синод проявил не совсем понятную торопливость при рассмотрении дела священника Глеба Якунина. Согласно Уставу РПЦ его дело должен был рассматривать сначала епархиальный, затем общецерковный суды. И только после этого дело должно было поступить или в Священный Синод или же к патриарху, если священник принадлежал к клиру Москвы. Из-за множества нарушений Устава РПЦ вряд ли можно рассматривать решение Синода как канонически безупречное. Никто из власть предержащих не поддержал отца Глеба, не заступился за него перед синодалами.
Александр Яковлев вспоминал об этом периоде правления Ельцина: «Лично я всегда относился к Борису Ельцину сочувственно, по принципу – не позавидуешь. Только с его характером и можно было забраться на танк, на котором приехали большевики снова оккупировать Москву, и с этого танка призвать народ России к борьбе с реваншистскими силами, ко всеобщей забастовке. Я согласен и с его решением о разгоне Думы в 1993 году, иначе пришла бы снова на нашу землю гражданская война. Тем самым практически Ельцин спас страну от нового национального позора. Только вот не сумел довести дело до конца. Что я имею в виду? Прежде всего его безответственно прохладное отношение к освобождению из тюрьмы мятежников, авантюристов, дважды пытавшихся совершить государственный переворот. Его ошибкой является и то, что не сумел настоять на запрещении политической деятельности компартии. Глубоко убежден, что не будь сегодня мятежники на воле, а компартия – в парламенте, дела в стране шли бы по-другому.
Промахи серьезные. Они из той категории, когда русские с энтузиазмом создают сами себе трудности, а потом их героически преодолевают. Я верю, что и на сей раз мы преодолеем трудности, которые сами себе создали. Мятежники вскорости уйдут с политической арены по возрасту, а КПРФ и родственные ей объединения тихо скончаются, растворятся, но при условии, что власти перестанут искусственно держать их на плаву. Но есть у Ельцина грех, которому не найти прощения. Это – чеченская война. Она преступна, а потому затемняет все остальное – хорошее и созидательное. Президент признал свою ошибку – это разумно. Говорят, что кто-то подвел его, а некто обманул. Возможно, и так. Но ответственность за содеянное лежит на президенте – и по должности, и по совести»3.