А уже 27-28 мая 1992 года в Харькове в архиерейской резиденции, в Покровском монастыре под председательством митрополита Харьковского Никодима (Руснака) и в отсутствие митрополита Филарета состоялся Архиерейский собор Украинской православной церкви, в котором приняли участие семнадцать украинских иерархов. Лишь двое не смогли присутствовать из-за болезни. Собор состоялся, несмотря на противодействие президента Леонида Кравчука, требовавшего от руководства Харькова и области воспрепятствовать выборам нового предстоятеля УПЦ. Архиепископ Черновицкий и Буковинский Онуфрий вспоминал: «Собор проходил в атмосфере общего духовного подъема. Хотя из высших инстанций постоянно поступали телефонные звонки с угрозами и вызовы, после которых владыка Никодим возвращался белый, как бумага, но снова садился, брал себя в руки и продолжал вести Собор»3. На Соборе было выражено недоверие митрополиту Филарету. Собор принял решение сместить его с Киевской кафедры и должности предстоятеля УПЦ, «запретив ему священнослужение впредь до решения Архиерейского собора Матери-Церкви». Новым предстоятелем был избран митрополит Владимир (Сабодан). Ему отдали голоса шестнадцать епископов против двух. Предстоятели ряда Поместных Церквей вскоре после харьковского Собора направили телеграммы в адрес патриарха Алексия II – они признавали митрополита Владимира единственным законным первоиерархом УПЦ.
11 июня 1992 года для рассмотрения деятельности митрополита Филарета был созван Архиерейский собор РПЦ, на суд которого было представлено заявление украинского епископата, подписанное шестнадцатью иерархами. По итогам разбирательства, в ходе которого были доказаны все предъявленные обвинения, Собор постановил лишить митрополита Филарета церковного сана и всех степеней священства. Филарет своей отставки не признал, и в этом он получил защиту у украинских властей. Милиция совместно с членами организации УНА-УНСО не допустила в митрополичью резиденцию делегацию представителей УПЦ, которые пришли принять дела у низложенного Филарета. То же самое произошло у входа в кафедральный Владимирский собор, когда туда приехал новоизбранный предстоятель УПЦ – митрополит Киевский и всея Украины Владимир. Члены УНА-УНСО перекрыли подступы к храму и забаррикадировались изнутри. Чтобы избежать кровопролития среди православных, митрополит Владимир призвал не применять силу и отправился в Киево-Печерскую Успенскую лавру, которую боевики из УНА-УНСО не смогли взять штурмом, натолкнувшись на сопротивление монахов и верующих, на стороне которых выступило подразделение ОМОНа, «Беркут», прибывшее для обороны лавры от националистов. Владимирский собор, однако, остался в руках Филарета и его приверженцев.
Государственное вмешательство в церковные дела продолжилось. При поддержке президента, Леонида Кравчука, Филарет сохранил за собой контроль за денежными средствами УПЦ. Президент своим указом сместил председателя Совета по делам религий, Н.А. Колесника, и заменил его А.Л. Зинченко, сторонником Филарета. Кравчук и Зинченко объявили незаконными решения харьковского Архиерейского собора УПЦ. Президиум Верховной Рады Украины принял заявление, в котором харьковский Собор объявлялся не только незаконным, но и неканоническим.
Оказавшись в изоляции, Филарет решил внедриться в УАПЦ, которую еще недавно обличал как раскольническую. Он понимал, что создать новую церковную структуру он не сможет, поэтому прибег к способу, известному в медицине как миаз. Это болезнь животных и человека, вызываемая личинкой вольфартовой мухи при развитии ее в ранах или на слизистых оболочках. Самки мух откладывают от ста двадцати до ста пятидесяти личинок в нос, глаза, уши, на раны и язвы на теле животных (а иногда и человека) во время сна под открытым небом. Личинки у человека живут в ушах, носу, лобных пазухах, глазах. Быстро внедрившись в ткани, личинки разрушают их до костей. Паразитирование личинок сопровождается сильной болью, вызывает омертвение тканей и гангрену. Миазы очень болезненны и часто заканчиваются смертью. К подобному симбиозу прибегнул предприимчивый Филарет Денисенко.