Администрация президента Леонида Кравчука оказывала поддержку митрополиту Филарету. Когда же он призвал украинских епископов собраться в его киевской резиденции, откликнулся лишь викарий Тернопольской епархии, епископ Почаевский Иаков (Панчук), наместник Почаевской лавры, изгнанный братией из обители. Митрополита Филарета отказались поддержать и те украинские иерархи, которые на Архиерейском соборе в Москве выступали поборниками Автокефалии. Спустя несколько месяцев к Филарету примкнул Львовский епископ Андрей (Горак). Он еще в начале июля с большинством духовенства своей епархии покинул УПЦ и перешел в УАПЦ. Во всех храмах Украины прекратилось поминовение митрополита Филарета во время богослужения, а Одесская епархия, ссылаясь на то, что неподалеку от города располагается патриаршая летняя резиденция, обратилась к патриарху Алексию II с просьбой принять ее в патриаршее управление. 30 апреля 1992 года в Житомире прошло собрание архиереев, духовенства, монашествующих, представителей православных братств и мирян УПЦ. Они обвинили митрополита Филарета в клевете на Архиерейский Собор и в клятвопреступлении, потребовав его отставки. Опальному митрополиту стало ясно, что он не сможет создать самостоятельную жизнеспособную церковную структуру.
Митрополит Владимир (Сабодан) сохранивший за собой пост управляющего делами РПЦ, умело и успешно развивал интригу. Оставаясь в тени, он направлял действия не только синодалов, но и украинских епископов, которым надоели претензии и метания митрополита Филарета. 6-7 мая 1992 года прошло расширенное заседание Священного Синода РПЦ. Митрополита Филарета пригласили в Москву. Он проигнорировал приглашение. Тогда Священный Синод предписал ему до 15 мая созвать Архиерейский собор УПЦ и подать на нем прошение об отставке. Синод запретил митрополиту Филарету до очередного Архиерейского собора УПЦ исполнять обязанности предстоятеля – созывать Синод, рукополагать архиереев, издавать указы и обращения. И предупредил, что если он откажется исполнить постановления Собора и решения Синода, то будет предан церковному суду. Эти решения были доведены до сведения верующих на Украине специальным Посланием патриарха и Священного Синода. В нем подчеркивалось, что эти решения не упраздняют самостоятельности УПЦ, дарованной Архиерейским собором РПЦ в октябре 1990 года.
Поскольку митрополит Филарет отказался подчиниться решению Священного Синода РПЦ, Синод 21 мая поручил старейшему по хиротонии среди украинских иерархов – митрополиту Харьковскому и Богодуховскому Никодиму (Руснаку) – созвать Архиерейский собор УПЦ для избрания нового предстоятеля. Митрополит Филарет отправил патриарху Алексию сообщение о том, что считает решения Синода «необоснованными и недееспособными». 26 мая 1992 года он собрал в Киеве своих сторонников на «Всеукраинскую конференцию по защите канонических прав Украинской православной церкви». Конференция, в которой не принял участие ни один из украинских епископов, отвергла майские решения Священного Синода РПЦ. Сторонники митрополита Филарета обратились с посланием к Константинопольскому патриарху Варфоломею I, в котором заявлялось об аннулировании акта 1686 года о передаче Киевской Митрополии из юрисдикции Константинопольской церкви в ведение Московского Патриархата. 30 мая митрополит Филарет направил патриарху Варфоломею личное послание, обвинив Москву в «антиканонической деятельности» и в том, что она «фактически учинила раскол в лоне Украинской православной церкви». Митрополит Филарет просил патриарха Варфоломея принять его под свою юрисдикцию.