Роль митрополита Филарета в принятии Архиерейским Собором УПЦ Автокефалии была главенствующей. И это было последней каплей. Патриарх Алексий решил поддержать митрополита Владимира (Сабодана). Для синодалов РПЦ стало ясно, что предстоятель УПЦ неуправляем. Собор решил рассмотреть персональное дело митрополита Филарета (Денисенко). После долгих дебатов было принято решение об увольнении его на покой: «Архиерейский Собор был согласен в том, что митрополит Филарет как Предстоятель Украинской Православной Церкви не в состоянии уврачевать существующие разделения и настроения в Церкви. Собор принял к сведению заявление митрополита Филарета о его готовности во имя церковного мира на Украине подать прошение об освобождении от обязанностей Предстоятеля Украинской Православной Церкви. При этом он сказал: «Я даю архипастырское слово, что такой Собор (имелся в виду Собор, которому предстояло избрать Предстоятеля Украинской Церкви) будет проведен, что никакого давления не будет ни с чьей стороны. То, что его не будет с гражданской стороны, я уверен, но его не будет и с моей… Вы будьте уверены, что я не буду Предстоятелем». Свое обещание оставить Киевскую кафедру митрополит Филарет дал перед Крестом и Евангелием»2. Этому решению предшествовали жаркие споры, во время которых митрополит Филарет признал, что он на самом деле женат и имеет трех детей. Но тут же обвинил епископат РПЦ в содомии и в замалчивании этих проблем. Этим выступлением он окончательно восстановил против себя представителей многочисленного «голубого» лобби. Украинские епископы, обещавшие поддержать своего предстоятеля, предпочли промолчать. В результате митрополит Филарет уступил давлению большинства епископата и пообещал сложить свои полномочия.
После Собора была дана пресс-конференция для журналистов в Даниловском монастыре. Ее вел митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. После его выступления, я задал вопрос: «Ваше высокопреосвященство! А не получится ли так, что вернувшись в Киев, митрополит Филарет откажется от своих слов?» Митрополит Ювеналий с жаром начал убеждать журналистов, что этого не произойдет, поскольку митрополит Филарет дал клятвенное обещание, поцеловав крест и Евангелие. Вернувшись в Киев, он 14 апреля провел пресс-конференцию в Украинформагентстве, во время которой обвинил Архиерейский Собор в беспрецедентном давлении. Он заявил, что дал отцам Собора «неискреннее обещание оставить пост предстоятеля Украинской Церкви, на деле же намеревается сохранить его за собой до конца жизни». Московский Собор не смог решить проблемы Автокефалии для УПЦ – не было единогласия среди епископата РПЦ, значительную часть которого составляли украинцы. Было принято половинчатое решение – рассмотреть эту проблему на Поместном Соборе, который должен быть созван, согласно Уставу, в 1995 году.
Вернувшись в Киев, митрополит Филарет, вопреки данному обещанию, принялся за создание на Украине независимой церковной структуры. 7 апреля 1992 года, во время богослужения в киевском Владимирском соборе, он объявил об отказе сложить обязанности предстоятеля УПЦ. 14 апреля на пресс-конференции подтвердил, что Архиерейский собор в Москве прошел с нарушениями Устава об управлении и регламента РПЦ. Он утверждал, что его клятва была вынужденной, а потому недействительной. Он был якобы оклеветан соборянами и поэтому отказался уйти в отставку. И добавил, что будет возглавлять Украинскую православную церковь до конца своих дней. Однако сразу же возникла проблема – где найти епископов, которые бы поддержали опального митрополита? Это вечная проблема всех раскольников во все века. Митрополит Филарет решил ее довольно оригинально – он перешел под омофор Украинской Автокефальной Церкви, которую до своей опалы считал нелигитимной. А потом взорвал ее изнутри, уведя с собой часть епископата.