Высадившиеся 24 июня 1905 года в заливе Анива части стали продвигаться в северном направлении, а 10 июля 1905 года японцы высадили десант и на северной оконечности Сахалина. Высадку поддерживали два японских крейсера и несколько канонерских лодок. Потом японцы перерезали связь острова с материком. Скоро основные силы во главе с Ляпуновым – 70 офицеров и 3200 нижних чинов – сдались в плен. За ним последовали и другие разрозненные отряды оборонявшихся.
Но сдавались не все. Отряды под началом военного прокурора полковника Новосельского, командира 2-й дружины капитана Филимонова и артиллерийского штабс-капитана Благовещенского сумели прорвать кольцо окружения и перебраться на материк.
Японцы разрешили оставшемуся на острове вице-губернатору Ф.Ф. фон Бунге (1902—1917) осуществлять гражданское управление острова. Впрочем, японцы стали в массовом порядке высылать русское население с Сахалина, часть которого они вместе с пленными переправило сначала в Японию, а оттуда – в Одессу. 10 тысяч сахалинцев японцы в демонстративной форме высадили на русском материке в районе Де-Кастри, оставив их без всяких средств существования. Часть русских на подручных средствах сами переправились через Татарский пролив на материк. Канцелярия генерал-губернатора в Хабаровске была завалена просьбами о компенсациях за потерянные на Сахалине жильё и имущество.
Северная часть Сахалина согласно Портсмутскому миру осталась за Россией, и в начале октября 1905 года на Сахалин выехал полковник генштаба А.М.Валуев, чтобы принять территорию в управление от японских военных. В апреле 1906 года он по инициативе приамурского генерал-губернатора П.Ф.Унтербергера был произведен в генерал-майоры и назначен военным губернатором. В этом качестве он проработал до 1910 года.
Японцы разграбили и вывезли с северной части острова всё, что попадалось под руку. Население подвластной Валуеву территории составляло всего 3359 взрослых и 2141 детей. В МВД России в это время обсуждался вопрос об упразднении на Сахалине губернаторского управления, но благодаря настойчивости Унтербергера, утверждавшего, что стратегическое и геополитическое значение Сахалина, наоборот, возросло, такое решение не было принято. На Аркадия Михайловича выпала тяжелейшая доля восстановления административного управления и налаживания послевоенной жизни. Чтобы привести Сахалинскую область в более-менее «божеский» вид, ему пришлось бороться и с разрухой, и с петербургской бюрократией, и с происками японцев.
На южной части острова Япония учредила губернаторство Карафуто с административным центром в городе Отомари, ныне Корсаков.
Первая мировая война поставила губернаторов перед новыми вызовами и новыми обязанностями. Они ещё не успели освоиться с введённой в стране конституцией и как следствие этого – с возникшей в стране многопартийной системой, как на них обрушились новые проблемы. И административный аппарат бюрократической России на местах оказался не на высоте поставленных перед ними задач. Следует, правда, сразу оговориться, что и политика центральных министерств, в первую очередь министерства внутренних дел, отличалась крайней некомпетентностью и в значительной степени усугубляла ситуацию в провинциях.
Назначенный в 1915 году московским генерал-губернатором князь Ф.Ф.Юсупов-Сумароков—Эльстон (старший) заполнил вакансию, пустовавшую целых шесть лет, но по своим деловым качествам ни малым образом не отвечал ни этому посту, ни требованиям времени. Князь поселился в своём великолепном дворце и руководил губернией из своих апартаментов. Это был уже дряхлый немощный старец, и пробыл он на своём посту около 5 месяцев.
В.В.Брянский, секретарь московского градоначальника, приводит в своих воспоминаниях анекдотическую речь Юсупова, произнесённую им на одном из совещаний. К числу трудностей, с которыми генерал-губернатор считал необходимым бороться, он назвал обширность территории Российской империи. Сидевший в зале председатель земской управы Шлиппе ядовито заметил, что немцы в этой войне помогут генерал-губернатору бороться с этой проблемой. Оказалось, что Юсупов ошибочно перенёс обширность российских территорий из рубрики трудностей, с которыми надо было считаться, в рубрику трудностей, с которыми надо бороться.