Когда националистическая угроза была нейтрализована, Организация Объединенных Наций направила войска, чтобы заставить Катангу воссоединиться с Республикой Конго, чего Лумумба никогда не хотел. Каса-Вубу, Тшомбе и другие конголезские лидеры встретились в марте 1961 года, чтобы обсудить будущее страны. Они договорились о создании конфедерации суверенных государств вместо Республики Конго. ООН и США требовали создания единого Конго, и генеральный секретарь ООН Даг Хаммаршельд впоследствии заключил с Каса-Вубу отдельную сделку об отказе от соглашения в обмен на финансовую помощь. Тшомбе почувствовал себя преданным и напал на силы ООН в Катанге. На улицах Элизабетвиля вспыхнула тотальная война. Хаммаршельд прилетел в Элизабетвиль, чтобы выступить посредником в заключении мирного соглашения с Тшомбе, но 18 сентября 1961 года его самолет был сбит во время посадки в аэропорту. Ходят слухи, что Тшомбе приказал совершить нападение.
UMHK продолжала поддерживать независимую Катангу, выплачивая налоги на добычу полезных ископаемых напрямую правительству Тшомбе. Силы Тшомбе сражались с ООН в Катанге еще два года, пока президент Кеннеди не направил американские истребители для поддержки решающего наступления ООН. Тшомбе признал свое поражение 14 января 1963 года. После трех с половиной лет насилия Конго было окончательно объединено, и в мае 1965 года состоялись новые выборы, на которых президентом стал Каса-Вубу. Президентство Каса-Вубу было недолгим - 24 ноября 1965 года Джозеф Мобуту совершил свой второй переворот и полностью взял власть в свои руки.
Мобуту управлял Конго в течение тридцати двух лет так же, как и Леопольд, - с помощью машины личного обогащения. 31 декабря 1966 года он национализировал UMHK и Gécamines и получил в прямое владение несколько горных концессий. Он перекачал миллиарды долларов от экспорта полезных ископаемых на личные банковские счета, став в 1980-х годах одним из десяти богатейших людей мира. 27 октября 1971 года Мобуту переименовал страну в Республику Заир, основываясь на том, что, по его мнению, было первоначальным названием реки Конго во времена королевства Конго, хотя на самом деле это было неправильное написание слова nzere португальским картографом.
Несмотря на открытую коррупцию, Мобуту оставался у власти на протяжении десятилетий благодаря поддержке США в борьбе с коммунизмом, что принесло ему непоколебимую поддержку президентов Никсона, Буша, Рейгана и Клинтона. Полезные ископаемые Катанги текли на Запад, а доходы - на банковские счета Мобуту. Однако то, что Катанга дает, она может и отнять. В апреле 1974 года цены на медь достигли пика в 1,33 доллара за фунт, а в июне 1982 года упали до 0,59 доллара за фунт, поскольку страны-производители с низкими затратами увеличили производство. В 1988 году производство меди в Gécamines достигло пика - почти 480 000 тонн, а пять лет спустя оно упало до 30 000 тонн. Когда в 1991 году распался Советский Союз, вместе с ним рухнула и ценность Мобуту для Запада. Геноцид в соседней Руанде стал катализатором его окончательного падения.
6 апреля 1994 года самолет с президентом Руанды Ювеналом Хабиариманой (хуту) был сбит на подлете к международному аэропорту Кигали. Хуту обвинили тутси, и началась массовая резня. Через сто дней хуту-межамве уничтожили не менее восьмисот тысяч тутси. Более двух миллионов беженцев бежали через границы Заира в Киву. Интерахамве создали в Киву мини-государство со штаб-квартирой в районе Гомы и продолжали устраивать нападения на тутси. Деградация Заира при Мобуту позволила его сравнительно небольшим соседям задуматься о вторжении. Глава руандийской армии и нынешний президент Руанды Поль Кагаме воспользовался этой возможностью. Кагаме организовал нападение на провинцию Киву совместно с Угандой, используя катангского фронтмена и давнего противника Мобуту - Лорана-Дезире Кабилу.
Кабила объединил несколько повстанческих группировок в армию под названием АФДЛ и во главе батальона быстро взял под контроль Катангу. Он поселился в отеле Karavia в Лубумбаши и организовал встречи с представителями западных инвестиционных банков, De Beers и горнодобывающих компаний из Америки и Европы, чтобы разделить военные трофеи. Оставшиеся силы АФДЛ во главе с верным помощником Кагаме Джеймсом Кабаребе двинулись на запад к Киншасе. Дряхлый Мобуту бежал в Марокко, где в конце концов умер в изгнании. Кабила был приведен к присяге в качестве президента Демократической Республики Конго 29 мая 1997 года. Он представил себя как законного преемника Патриса Лумумбы и пообещал принести свободу и процветание конголезскому народу.