Взятие и разорение восставшей Соловецкой обители положило конец колебаниям – ибо колебаться попросту стало некому. Но зато радикализм, усиленный слухами о страданиях соловецких мучеников, щедро выплеснулся за монастырские стены. Анти-царские настроения среди старообрядцев резко усилились. Хронологическое совпадение двух событий – смерти Тишайшего и взятия царскими войсками Соловецкого монастыря – тут же было истолковано старообрядцами соответствующим образом. Смерть Алексея Михайловича «в канун дня Страшного суда» – это Божье наказание неблагочестивого царя, царя-отступника – чем не инфернальная мистика?..
Мятежные Соловки – это лишь одна из «церковных заноз» в царство, которую пришлось вырывать Тишайшему царю, и так до конца не вырвать с корнем, даже в последние годы своей жизни. Еще одна, не менее неприятная и болезненная «заноза раскола» – это знаменитая у староверов-раскольников боярыня Феодосия Прокофьевна Морозова (удостоенная кисти в знаменитой картине художника Сурикова). Происходила боярыня из второразрядного московского рода Соковниных и была в родстве с царицей Марией Ильиничной Милославской, которая к ней всячески благоволила. Благоволил к ней и сам Тишайший: ведь Феодосия Прокофьевна была супругой младшего брата его «дядьки-воспитателя», боярина Глеба Ивановича Морозова.
Боярыня Морозова стала ярой и принципиальной противницей церковных нововведений. Овдовев в 1662 году, она – завидная, красивая и богатейшая невеста того времени – не стала вторично выходить замуж и предалась «подвигам церковного благочестия». Ее дом превратился в прибежище для всех сторонников старой веры. Вернувшийся из сибирской ссылки неистовый протопоп-раскольник Аввакум несколько месяцев жил у своей духовной дочери, почитавшей и во всем слушавшей своего духовника. Несомненно, именно протопоп Аввакум привил боярыне ту истовость и фанатизм, с какими она стала отстаивать «правые раскольничьи догматы».
В Кремле смотрели сквозь пальцы на старообрядческие чудачества боярыни Морозовой. Во-первых, из-за царицы Марии, во-вторых, из-за памяти, которую царь Тишайший питал к Морозовым, в-третьих, из-за того, что Феодосия Прокофьевна была, по-видимому, не одна такая: при дворе имелись и другие приверженцы двуперстия и старой веры «по Макарию». Требовалось, однако, соблюдение некого общего приличия – не бравировать своими убеждениями, не кичиться ими, «на людях» по-старому открыто не молиться. Морозова до поры до времени так себя и вела. Но после ссылки на Мезень Аввакума она осмелилась бросить открытый вызов церковным властям и двору. Перестала являться на службы, ссылаясь не на нездоровье, а на то, что службы в Москве неправильно служат «никоновские попы».
По царскому слову вразумлять строптивую вдовицу был посланы архимандрит-златоуст Чудова монастыря Иоаким (будущий патриарх) и ключарь. Морозова не исправилась, и летом 1665 года указано было отписать на царя часть вотчин вдовы. Жесткая мера, по-видимому, внесла известный диссонанс в семейную жизнь Тишайшего. Во всяком случае, царица Мария не отказалась от мысли заступиться за свою родственницу-боярыню. Подходящий момент наступил в октябре 1666 года, когда только что разрешившаяся от бремени царевичем Иваном Мария Ильинична попросила вернуть Морозовой часть московских вотчин ее мужа. Тишайший Михайлович не посмел противиться супруге, и просьба была уважена.
Особые отношения с царицей удерживали Феодосию Морозову от крайних шагов. Она даже «приличия ради с царицей ходила к храму». Но смерть царицы развязала ей руки. Не стало заступницы, способной умерить гнев и опалу Тишайшего. Но отпала окончательно и необходимость таиться и сдерживать себя. В конце 1670 года Морозова приняла тайный постриг. Теперь под пышной одеждой боярыни она носила жесткую власяницу страдалицы за истинную веру, что была при святом митрополите Макарии.
Постриг, пускай и тайный, ко многому обязывал. Пространство для компромисса сузилось до размера дома. Но «верховая» боярыня – боярыня придворная, и ей невозможно замкнуться за стенами своей усадьбы. 22 января 1671 года Морозова отказалась присутствовать на второй свадьбе Алексея Михайловича, где ей предстояло «в первых стоять и титул царский говорить». От царского недовольства не спасла и ссылка боярыни на недуг. Отказ был воспринят и как вызов, и как демонстративное оскорбление родича-государя. И все же Тишайший еще сдерживался, пытался образумить закосневшую раскольницу Морозову внушением, игрою на струнах любви к сыну – от строптивости могла пострадать карьера единственного сына Ивана.
Напрасны были усилия царя – все сгладить. Боярыня Морозова была непреклонна, сделав свой выбор. Терпение Тишайшего лопнуло. В ночь на 16 ноября 1671 года Морозова была взята под стражу вместе с ее сестрой, княгиней Урусовой. В Чудовом монастыре власти учинили суровый допрос сестрам. Обе стояли на своем и наотрез отказались причащаться по Служебникам новой печати. Настало время их долгих мучений и мытарств по тюрьмам.