В борьбе с раскольниками патриарху Иоасафу II не удалось снискать больших лавров. Еще менее успешным оказалось правление немощного, не авторитетного Питирима (1672–1673). Поставленный на патриарший престол скорее из сочувствия к его немощи, чем по заслугам, он по едким словам современников: «Всю жизнь безуспешно тянулся к посоху святого Петра», посему он просто не имел уже сил ни жить здоровым, ни править здраво. Кажется, подобное слабосилие архипастырей вполне устраивало Тишайшего. «Синдром величия» Никона настолько тяготил его, что он долго предпочитал скорее мириться с неустройством в церковной жизни, чем терпеть сильного и самостоятельного патриарха. Отчасти это давало возможность «саботировать» некоторые принципиальные решения Собора 1666–1667 года. Так, несмотря на обещание, продолжал функционировать Монастырский приказ, и его приказные по-прежнему вмешивались в имущественные и финансовые дела церкви.
Однако очень скоро Алексей Михайлович столкнулся с неприятным последствием ослабления позиций патриарха: о своих правах во весь голос заявили «местные» русские архиереи. «Бунт русских архиереев» на Соборе 1666–1667 года свидетельствовал о том, что, избавившись от Никона, архиереи вовсе не собирались отказываться от его идеи о господствующем месте церкви в жизни государства и общества. Алексей Михайлович поневоле должен был задуматься об ограничении власти русского епископата на местах.
Стеснить его можно было, проведя административно-территориальную реформу в церкви, увеличив число епархий и усложнив систему управления. Умножение числа епархий делало архиереев поневоле более покладистыми и зависимыми от власти; им труднее было столковаться, выступить единым фронтом против светской власти центра. Да и финансовое положение епархий и их владык оказывалось уязвимее.
Об учреждении новых епархий и усложнении системы церковного управления толковали еще на Соборе 1666–1667 года. Инициаторами тогда выступили греческие владыки. Они предложили учредить восемь новых епархий. Однако русским архиереям удалось провалить эти планы.
Противодействие епископата побудило Алексея Михайловича отступить. После смерти в апреле 1673 года Питирима Алексей Михайлович склонился к мысли о необходимости избрания деятельного патриарха. Возможно, в личном плане это было связано с тем, что болезненные воспоминания о патриархе Никоне, стеснившем царскую власть, поблекли и отошли в сторону. Зато ощутимее стала нужда в первосвятителе, способном найти действенную на престоле управу как на раскольников, так и на чрезмерно самовластных архиереев. Таким стал новый и последний в жизни второго Романова деятельный и авторитетный патриарх Иоаким (1674–1690).
Конфликт Тишайшего с Соловецкой обителью развивался неровно. То тлел углями, то озарялся сильнейшим пламенем старообрядческого радикализма. Долгое время в монастыре надеялись, что государь образумится и вернется к старому церковному обряду. Резкие перемены произошли тогда, когда монастырь по указу лишился части своих владений. Тишайший быстро определил свою позицию к бунтовщикам. Бунтовщики, в ответ, определили свою: они так же быстро отменили общеобязательную молитву за царя. Со стен обители в адрес царя с тех пор стали раздаваться такие непристойности, что воевода Мещеринов отписал царю: «Не только те их злодейственные непристойные речи написать, но и помыслить страшно».
В 1669 году из молитвы было изъято конкретное имя – Алексея Михайловича – и восстановлена привычная прежде формула моления о «благочестивых князьях», как это и было до Никона. «Немоление» превращало Тишайшего в царя-антихриста. Ведь можно было, согласно Апостолу, молиться за царя неверного и мятущегося в вере, но нельзя было молиться за царя-антихриста. В декабре 1673 года, когда радикализм обители достиг самого высшего градуса, «немоление» за царя дополнилось отказом и от заздравной чаши за царя и членов его семейства. Дело дошло до того, что из Синодика даже выскребли имя почившей царицы Марии Ильиничны.
Правда, соловецкая братия не была столь единодушна в этом решении. Известны и отступления. Так, в последний год жизни Тишайшего, в день его именин, в Успенской церкви пели о царском здравии. Но в тот же день в трапезной случился пожар, который тут же был истолковал истовыми староверами как наказание за их отступничество. Охотников именно так истолковать происшедшее, по всей видимости, оказалось с избытком. Не случайно старец-старовер Аввакум показывал: как на отпуске запоют многолетие за Тишайшего, так половина монахов тут же из церкви выходит.