Архимадрит Евграф трижды обращался в Комиссию духовных училищ с просьбою выделить ему помощника для преподавания богословия ради вящей делу пользы и облегчения его обязанностей, а именно — иеромонаха Филарета, за склонность которого к наукам и особенно к духовным он ручается. На первый раз просто отказали. На второй раз объяснили, что некем заменить Филарета в семинарии и Александро-Невском духовном училише, коего он был также сделан ректором. На третью просьбу последовало в октябре 1809 года согласие, но друг и заступник недолго радовался ему: 11 ноября архимандрит Евграф скончался от паралича сердца.
Для Филарета то была вторая серьезная утрата в жизни. Но если смерть Андрея Саксина принесла сердечную боль, то кончина Евграфа Музалевского будто закалила его, сметя наивность и простодушие, усилив твердость духа и пламень веры. Добрейший отец Евграф за недолгие месяцы служения показал, что можно и должно нести иноческий подвиг и в петербургском мире, где карьерно-бюрократический дух проник даже в церковную жизнь.
Филарет готовился к монашеству созерцательно-аскетическому, а поставлен был на путь церковно-общественный... Это бы ладно, все принял с покорностию, но со смертью отца Евграфа пришло одиночество, казалось — на всю отмеренную Господом жизнь. Да, есть родители, брат и сестры, рядом и вдали добрые приятели, благорасположенное начальство, но что с того? В мире служебном перед Филаретом открывалась ледяная пустыня. Зависть, интриганство, тайные козни, лицемерие — как далеко все это от открытости троицкой жизни. Хватит ли сил на то, чтобы устоять, не изменить себе и заветам, заповеданным святыми отцами? Он не знал. Уповать следовало на волю Божию, надеяться на себя одного. Он скорее догадывался, чем сознавал, какой путь служения ему предстоит.
На бумаге всего не передашь, да и письма на почте просматривают, а как хотелось ему излить душу владыке Платону и получить совет, вразумление, услышать хотя бы одну из
митрополичьих историй...
В письме Грише Пономареву, ставшему приходским священником, Филарет писал: «...К здешней жизни я не довольно привык и вряд ли когда привыкну более. Вообрази себе место, где более языков, нежели душ; где надежда по большей части в передних, а опасение повсюду; где множество покорных слуг, а быть доброжелателем считается неучтивым; где роскошь слишком много требует, а природа почти во всем отказывает: ты согласишься, что в такой стихии свободно дышать могут только те, которыя в ней или для нее родились. Впрочем, есть люди, которых расположением я сердечно утешаюсь...»
Филарет сильно переменился. В феврале 1810 года в духовную академию пришел суховатый, крайне сдержанный в проявлении чувств, хотя и вполне доброжелательный ко всем, педантически аккуратный и поразительно работоспособный пожилой челова. Никто не знал, как старательно он сдерживал невольные проявления своей пылкой и горячей натуры, о которой позволяли догадываться лишь блеск глаз и сквозившая в движениях энергия.
В служебной перемене обнаружились весьма приятныестороны, По знанию бакалавра философии ему выделили отдельнуюкомнату; положили жалованье в шестьсот пятьдесят рублей, что по тем временам было немало (заседатели палат уголовного и гражданского суда получали по триста шестьдесят рублей в год, помошники столоначальника в губернских учреждениях — по сто рублей). Наконец-то он смог не обременять семью, но, напротив, помогать родным.
В открывшейся духовной академии незаметно образовались две партии. Во главе первой стоял влиятельнейший рязанский архиепископ Феофилакт, правой рукой которого стал Леонид Зарецкий, во главе второй неожиданно для себя самого оказался новый ректор архимадрит Сергий Крылов-Платонов. Решительный архиепископ ничуть не стеснялся очередного троицкого выходца. Устав академии был написан им, программа обучения составлена им же. Не менее двух раз в неделю он посещал лекции, нередко вызывал к себе преподователей с отчетом, входил во все мелочи академической жизни. Устранить такое двоевластие архимадрит Сергий не имел ни твёрдости духа, ни возможностей.
Владыку Феофилакта воодушевляла горделивая мечта вернуть русскому духовенству высокое положение и обществе, поднять его из постыдной приниженности, куда загнал его Петр Великий. Он желал возвысить духовное сословие на уровень дворянства, для чего необходимым видел повышение образованности иереев, чтоб знали и догматику и метафизику, и Священное Писание и французкий язык, и литургику и новейшую литературу; Чтоб были обеспечены материально и могли на равных разговаривать с властью светской. Всё это рязанский архиепископ (нисколько не спешивший из Петербурга к своей пастве) почитал возможным совершить одному. Он был крупной личностью и дело выбрал по себе. Верно, ради этого и принял монашеский сан, не имея ровно никакого призвания к аскетическому подвигу. Нет, он был полон сил и страсти для деятельности в этом мире.