Здесь постригался в монахи Юрий Траханиот, ближайший советник великого князя Василия III. В 1518 году в Чудовом монастыре поселились прибывшие в Москву ученые старцы из афонских монастырей. В 1516–1525 годах здесь жил известный средневековый гуманист, богослов и писатель Максим Грек, вокруг которого образовался кружок образованных москвичей. Чудовский архимандрит того времени Иона писал великому князю доносы на Максима Грека и его собеседников: «и толкуют книги, и низводят словеса по своему изволению, без согласия и без веления твоего». По отзывам историков, чудовская келья Максима Грека «превратилась в своего рода политический клуб. В нем собирались самые образованные люди. Они обсуждали не только богословские темы… эти люди вели весьма вольные речи. Они бранили не только митрополита, но и самого государя» (Р. Г. Скрынников). Ближайшими советниками Максима Грека были Вассиан Патрикеев и Исаак Собака, отлученный от церкви на соборе 1549 года по настоянию митрополита Макария, когда он был уже чудовским архимандритом.
В Чудовом монастыре была и собственная школа иконописцев. Приходно-расходная книга монастыря 1586 года называет их имена: старец Александр, старец Симеон, Дмитрий Барышников, Ждан Никитин, Лукьян Максимов. В той же книге есть имена чудовских мастеров-серебреников: Третьяк Филин, Григорий Перевертка, Поспелка Лукьянов, Давыд Иванов и Парфений, «во иноцех» Павел. Монахи Чудова монастыря были среди золотых и серебряных дел мастеров и алмазников, работавших позднее в Золотой палате патриарха Никона. Шедевром русского эмальерного искусства считается потир 1664 года из Чудова монастыря (хранится в Оружейной палате).
В 1649–1670-х годах в монастыре действовала Греко-Латинская школа, учрежденная патриархом Филаретом на средства патриаршего дома. Из этой школы, в которой преподавали известные ученые тех времен Арсений Грек, Арсений Сатановский, Епифаний Славинецкий и многие другие, выросла позднее Славяно-Греко-Латинская академия. В списках первых учеников академии значится чудовский монах Иев. Чудовская школа была центром так называемых «мудроборцев», книжников «грекофильского» направления. Главой «мудроборцев» был келарь кремлевской обители Евфимий Чудовский, выходец из простых монахов — знаменитый духовный деятель, переводчик сочинений Дионисия Ареопагита и многих иных, поэт, философ, библиограф, «справщик» (редактор) московского Печатного двора, ревнитель православия XVII столетия, ратовавший за развитие духовного образования. Несмотря на то, что Евфимий Чудовский сам переводил книги с латыни и составил русско-латинский словарь, он писал: «От учения латинского, ничтоже еще видя, начинаются быти странныя подверги и чуждыя восточныя святыя Церкве». Он призывал светские и духовные власти сделать все, «да не пламень западного зломысленного мудрования растекся попалит и в ничто же обратит православия восточного истину». «Мудроборцы» боролись против «блуды латинския», против «латиномудрствующих» сторонников другого знаменитого культурного деятеля XVII столетия поэта Симеона Полоцкого, чьей цитаделью был Заиконоспасский монастырь в Китай-городе, требовавших и развития светского образования по образцу европейского.
В Чудовом монастыре составлялись и переводились богословские, исторические, философские сочинения. Чудовские монахи специально заказывали переводы: например, сохранился перевод греческих толкований литургии с пометкой инока Евфимия: «За преведения мзду даях аз от себе». Епифаний Славинецкий, получив от царя заказ на перевод Библии с греческого языка на славянский, выбрал в числе других помощников чудовских монахов Евфимия и Моисея.
В XVII веке в монастыре жили и ученые греки братья Софроний и Иоанникий Лихуды. Инок Исидор работал здесь над Патриаршим летописцем, монах Боголеп Адамов — над популярным в свое время «Хронографцем». Монахом обители был русский просветитель Карион Истомин, составитель букварей и учебных книг для юных Петра I и царевича Алексея, в 1682 году подавший царевне Софье стихотворную челобитную о «водворении» наук в России. Истомин исполнял обязанности личного секретаря патриарха Адриана и заведовал московским Печатным двором. Весной 1701 года в заточении в Чудовом монастыре находился — и в нем же умер — попавший в опалу Игнатий Римский-Корсаков, «первый русский историк», видный ученый и духовный деятель своего времени. Славяно-Греко-Латинской академией в начале XVIII века руководил чудовский монах Иов, составивший «Букварь, рекше Сократ учения христианского».