При воцарении Василия Шуйского в 1606 году в Чудов был отослан патриарх Игнатий, поставленный Лжедмитрием. Игнатий мог наблюдать, как самого Шуйского, насильно постриженного в собственном доме чудовскими монахами, понуждаемыми одним из вождей ополчения Захаром Ляпуновым, привезли в монастырь под именем инока Варлаама в 1610 году. Захватившие Москву поляки вернули Игнатия на патриарший престол, а в чудовскую темницу бросили патриарха Гермогена. Здесь, в обители, где некогда принял постриг, он провел последние девять месяцев своей жизни (11 мая 1611 — 17 февраля 1612 гг.). Его стерегли 50 стрельцов, его морили голодом и жаждой, но патриарх отказался присягать польскому королю Сигизмунду и передал из тюрьмы послание нижегородскому ополчению, готовившему поход на Москву.
В 1650-е годы, когда царь Алексей Михайлович уехал на войну с Польшей, патриарх Никон управлял государством из Чудова монастыря. Из него Никон перенес мощи патриарха Гермогена в Успенский собор Кремля. В Чудовом монастыре Никон провел церковный собор по исправлению богослужебных книг, что послужило причиной раскола в русской церкви. Чудовским архидьяконом был известный помощник Никона Арсений Суханов, посланный им в Иерусалим и Грецию на поиски старинных церковных книг, по которым затем исправлялись русские. Неделю в посте, молитвах и размышлениях провел вскоре в Чудовом протопоп Казанского собора на Красной площади Иван Неронов, после чего подал царю челобитную против никоновских нововведений. Здесь же и закончилась карьера Никона: в 1666 году в Чудовом монастыре происходил над ним известный суд вселенских патриархов, закончившийся его низложением. На следующий день Никона увезли из Чудова монастыря в ссылку. Чудовский архимандрит Павел приезжал позднее к ссыльному Никону и в Ферапонтов монастырь — допрашивать его по тремстам статьям новых обвинений.
А в 1671 году в Чудовом патриарх Питирим, митрополит Крутицкий Павел и «иныи власти» допрашивали двух несгибаемых противниц никоновской реформы — боярыню Феодосию Морозову и княгиню Евдокию Урусову. «Много на Москве попов, да истинного нет», — заявила патриарху Морозова. Момент, когда боярыню везут на допрос мимо Чудова монастыря, и запечатлел в известной картине В. И. Суриков. Морозову привозили в Чудов еще раз — чтобы Питирим помазал ее миром. Но боярыня сопротивлялась и осыпала патриарха проклятиями. После этого увещевания закончились, и на следующую ночь боярыню Морозову уже пытали. Ранее, в 1664 году, чудовский архимандрит Иоаким (впоследствии патриарх) и допрашивал Морозову в монастыре, и ходил к ней домой увещевать и «испытывать» ее.
Не раз упоминает Чудов монастырь в своем «Житии» и знаменитый протопоп Аввакум, описывая, например, как его «сын духовный» Федор юродивый «в церковь пред царя пришел, учал юродством шаловать; царь же, осердясь, велел в Чюдов монастырь отслать. Там Павел-архимарит и железа на него наложил, и божию волею железа разъсыпалися». Привозили в монастырь в 1667 году для прений о вере и самого Аввакума: «волоча многажды в Чюдов, поставили перед вселенских патриархов — и наши все тут же, что лисы, сидели». В Чудовом монастыре, между прочим, принял в 1664 году постриг воевода А. Ф. Пашков, начальник и мучитель Аввакума в Даурском походе 1656 года, которого протопоп не раз упоминает в своем «Житии». Здесь же допрашивали и сподвижника Аввакума, расколоучителя Авраамия.
Иноками Чудова монастыря в разное время были видные церковные деятели русского средневековья. Дмитрий Донской поставил в него архимандритом своего духовника Митяя, едва не ставшего через несколько лет русским митрополитом. В 1467 году в Чудове монастыре затворился, покинув пост митрополита, владыка Феодосий; как пишет в «Истории государства Российского» Н. М. Карамзин, он, «взяв в келию к себе одного прокаженного, ходил за ним до конца жизни, сам омывая его струпы». Владыка Афанасий в 1566 году в знак протеста против «злодейства» Ивана Грозного также оставил пост митрополита и удалился в Чудов монастырь. По версии двора, Афанасий ушел с поста «за немощию велией», но через год «немощный» Афанасий в сане чудовского монаха реставрировал иконы в московских храмах. Настоятелем Чудова монастыря был будущий митрополит Сарский и Подонский Павел, в 1660-е годы на некоторое время ставший местоблюстителем патриаршего престола. В последней четверти XVII века из обители вышли два будущих патриарха всея Руси — Иоаким и Адриан, бывшие чудовские архимандриты. Иоаким известен своим заявлением перед поставлением на пост архимандрита в 1664 году; когда его «испытывали» о вере: «Аз де, государь, не знаю не старыя веры, ни новыя, но что велят начальницы, то и готов творити и слушать их во всем». В XVI–XVIII веках архимандриты Чудова монастыря многократно назначались епископами на провинциальные кафедры, а иеромонахи — настоятелями провинциальных монастырей, в том числе Оптиной пустыни.