И вновь, чтобы образумить Филиппа, не внимающего доводам разума, он вынужден прибегать к устрашению. Розыск по уголовному делу Казарина Дубровского и его шайки, виновных в воровстве и посулах, поминках и подношениях, которыми был сорван поход, приводит его и к митрополичьему дому, богатейшему торговому центру Московского царства, который обладает неисчерпаемыми запасами хлеба, соли, рыбы, мёда, воска, мехов и всего прочего, что только рождает земля. Эти несметные богатства не прячутся в закромах без движения. Митрополичий дом, как и сотни столь же богатых монастырей, принимает участие в военных поставках и неизбежно, в свою очередь, замешивается в воровство, посулы, поминки и подношения, которыми отнюдь не брезгуют митрополичьи дьяки. Этот процесс взяток и воровства так же закономерен, как течение рек. Пока существуют армии, будут существовать поставки на армии, а пока существуют поставки на армии, будут воровать и подносить, и власти, если она желает быть не облаком власти, а подлинной властью, ничего не остаётся, как время от времени поставщиков на армию отправлять на кол или под топор палача. Как истинный сын церкви, Иоанн склонен закрывать глаза на её прегрешения и поначалу оставляет без наказания ухватистых дьяков митрополичьего дома, уличённых в поминках, мздоимстве и подношениях, как известный библейский герой прикрывает нагое тело отца. Однако он меняет решение, как только митрополит, в нарушение крестного целования и суждения апостола Павла, позволяет себе публично оскорбить и унизить его во время богослужения, чего никогда не позволял себе делать даже великий Макарий, который печаловался и за Семёна Микулинского, и за Алексея Адашева, но считал приличным делать это келейно, в палатах царя и великого князя. По его повелению опричная стража арестовывает митрополичьих дьяков Леонтия Русикова, Никиту Опухтина, Семёна Мануйлова и Фёдора Рясина, который в митрополичьем доме служит меховщиком, то есть сборщиком даней и пошлин. Дьяков допрашивают, приговаривают к смерти за несомненное воровство и подвергают публичному истязанию — открытый совет митрополиту Филиппу заниматься своими делами и недвусмысленный ответ на полученное от него публичное оскорбление: митрополичьих дьяков водят по улицам Москвы и бьют железными батогами до тех пор, пока их грешные души, отделившись от истерзанных тел, не отправляются на покаяние в ожидании высшего суда.