Однако все Колычевы отличаются неодолимым упрямством. Устрашение не только не охлаждает, но ещё пуще воспламеняет митрополита Филиппа. С той же неистовой энергией, с какой он благоустраивал Соловецкий монастырь как боярскую вотчину, он затевает настоящую войну против царя и великого князя, в ослеплении чувством родства забывая, что воюет с помазанником Божиим, защитником православия, утвердившим православный крест и в Казани, и в Астрахани, и в Полоцке, и в Юрьеве, и в Нарве, и в городах и замках бывшей Ливонии, что такого рода война для главы православной церкви едва ли не равносильна государственному преступлению и богоотступничеству. Своей волей, таясь от царя и великого князя, Филипп созывает освящённый собор, однако не всего православного духовенства, а всего лишь из девяти высших духовных лиц, и объявляет обескураженным епископам, что они прямо-таки обязаны соборно потребовать отмены опричнины, которая именно к ним не имеет ни малейшего отношения, и возвращения к старинному порядку вещей, не желая принять во внимание, по наивности или со злонамеренным умыслом, что именно старинный порядок вещей с его почти безграничными привилегиями, которыми пользуются князья и бояре, смертельно губителен не только для окружённого врагами Московского царства, но и для всего православия. Поначалу обескураженные епископы соглашаются со своим духовным вождём: «Филиппу, согласившемуся со епископы и укрепльвшевси вси межи себя, еже против такового начинания стояти крепце». Старинный порядок им самим по нутру, привилегии удельных времён распространяются и на них, князья и бояре в те расчудесные времена одаривали монастыри деревнями и сёлами, с которых так славно, так неустанно пополнялась казна, тогда как нынче царь и великий князь запретил вложение землями, что в понимании любостяжателей равносильно разбойному грабежу. Впрочем, на том же заседании кое-кто из епископов начинает соображать, что соборное выступление против помазанника Божия весьма чревато и многими земными утратами, поскольку жуткая кончина Фёдора Рясина со товарищи перед глазами у всех, и неизбежным внеземным наказанием. Кое-кто из них, вероятно, Евстафий, духовник царя и великого князя, на которого митрополит Филипп с некоторым опозданием недаром накладывает епитимию молчания до окончания собора, доводит до сведения Иоанна о злоумышленном новом выступлении митрополита, на этот раз совокупно с освящённым собором, что для Иоанна может окончиться отлучением и последующим за ним свержением с престола, после чего, без сомнения, последует смерть. Его положение становится критическим как никогда. Даже в 1553 году, когда вся головка подручных князей и бояр отказалась целовать крест его сыну, желая его преемником видеть Владимира Старицкого, оно ещё не было столь же опасным. Тогда подручные князья и бояре были разрозненны, действовали большей частью стихийно, Владимир Старицкий, их предполагаемый новый царь, оказался слишком ничтожен и слаб, а митрополит Макарий не поддерживал их, не натравливал освящённый собор на него. Напротив, зимой 1567 года, спустя четырнадцать лет, против него выступает митрополит, влиятельнейшая, опаснейшая духовная власть, даже независимо от того, кто в данный момент является её носителем и представителем, а тут как на беду Филипп выказывает не одно только упрямство, но и незаурядную силу характера. В таких обстоятельствах для Иоанна исход столкновения почти предрешён.
По существу дела, митрополит Филипп составляет против царя и великого князя новый заговор, в который втягивает руководителей церкви, обладающей, кроме духовной власти, громадными материальными средствами, более чем достаточными и для подкупа воевод, и для содержания мятежного войска. К такому заговору с лёгким сердцем в любую минуту могут примкнуть подручные князья и бояре, поскольку выступление духовных властей против царя и великого князя само собой снимает с них крестное целование и развязывает руки для любого насилия, а какие безобразия они натворили в безвластной Москве лет тридцать назад, Иоанн крепко хранит в памяти с самого детства.