Признание Бруно наверняка утвердило инквизиторов в подозрении, что в его лице они имеют дело с человеком, подрывающим сами основы католического вероучения – догматику, ритуалистику, главные богословские принципы. Это подозрение и определило ход допросов, привело к формированию особой системы следствия. Бруно должен был отвечать на вопросы относительно наиболее существенных ритуалов, догм, обычаев католической церкви, а также политики церковных властей. Были затронуты и проблемы философского характера, однако следователи интересовались главным образом теми мировоззренческими выводами Бруно, которые могли противоречить господствующим философским, точнее, теологическим догматам католической веры. А раз Бруно должен был дать отчет о своем отношении к господствующим догмам и ритуалам, то все его попытки отвлечь инквизиторов от догматически-ритуального хода следствия, предложить для разбора и дискуссии философские доводы были заведомо тщетными. Напрасно уверял Бруно, что его основным занятием была философия, а не богословие. Бруно сам признался, что рассуждал он «чрезмерно философски», то есть «в соответствии с принципами и естественным светом (разума), не выдвигая на первый план положений, которых надо придерживаться соответственно требованиям веры». «В отдельных своих книгах, – признается Бруно, – я излагал и доказывал философские вопросы, относящиеся к могуществу, мудрости и благости бога, согласно христианской вере, но основывая свое учение на чувствах и разуме, а не на вере». «Грех» этот для католика тоже считался немалым (даже философу, а тем более монаху, рассуждать дозволялось лишь «после», на основе веры и теологии, но не прежде, тем более не вместо них) – и все же прямое отрицание догм и ритуалов или сомнение в них классифицировалось как самое тяжкое отступничество. Вот почему инквизиторы грубо и определенно принуждали Бруно к прямым, четким ответам на важнейшие догматически-ритуальные вопросы. Такой ход следствия, конечно, определялся и доносом Мочениго, содержание которого почти целиком состояло из догматически-ритуальных обвинений. Совпадение между главными обвинительными пунктами доноса и направленностью следствия, содержанием вопросов и «увещеваний» трибунала почти полное. Известно, что окончательный приговор, подписанный в феврале 1600 года кардиналами, высшими чинами римской инквизиции, инкриминировал Бруно «восемь положений» еретического характера, но их конкретное содержание невозможно установить из документов, дошедших до наших дней. Исключение составляет догмат о пресуществлении, тезис об отрицании которого сохранился в уцелевшей версии обвинительного документа. Некоторые авторы высказывают предположение, что окончательный обвинительный документ по делу Бруно в более поздний период, когда он представал как позорный для католической церкви, был ею «сокращен» или фальсифицирован. Что и говорить, утрата для историка существенная. Однако есть все основания предполагать, что тот документ был логическим завершением всего хода восьмилетнего следствия.
Документы же показывают, что подход к обвиняемому, определившийся на допросах в венецианском «филиале», не претерпел существенного изменения после того, как Бруно – не без сопротивления либеральной Венеции – был по требованию папы перемещен в застенки инквизиторского «центра» в Риме (о чем – позже). Характер вопросов, которые, как правило, были провокационными и в скрытой или явной форме уже заключали в себе обвинение, остался тем же.