Исследуя истоки конфликта, возникшего из-за издания книги Бончковского, в открытом письме Папе Римскому от 2 апреля 1979 года отец Глеб Якунин писал: «В действительности между Советом по делам религий и Московской Патриархией существуют такие взаимоотношения, при которых вся документация и переписка (в т.ч. и частная) ответственных сотрудников ОВЦС МП в копиях направляются в Совет для информации, для выработки Советом дальнейшей иностранной политики Московской Патриархии. Фактически, ОВЦС МП является отделом не столько при Московской Патриархии, сколько при Совете по делам религий, исполняя широкие функции переводчика иностранной литературы и квалифицированного информатора и советчика (сам Совет не располагает соответствующим штатом)».
Внимательно изучая полученные от Титова документы Совета по делам религий, отец Глеб решил обратиться к истокам того ненормального положения, в котором во второй половине XX столетии оказалась РПЦ. Помню, как пристально он изучал послевоенные номера ЖМП. Он пытался понять и определить точку невозврата – тот момент, когда произошло трагическое отступление Русской Церкви от заветов Ее Основателя. Так в тяжелых родовых муках родилась его статья «В служении культу. Сталин и Московская Патриархия». Она была опубликована лишь в 1989 году. В предисловии он писал: «Статья была написана в удушающе-тоскливые 70-е годы, называемые ныне временем застоя, в годы мрачной бесперспективности жизни страны, общества и даже самой Русской Православной Церкви, которую так же, и в не меньшей степени, поразили процессы разложения. И здесь, в жизни Церкви, выход из кризиса, выздоровление, как и при болезни всякого организма, возможны лишь при постановке верного диагноза. Выявлению одного из самых тяжких недугов недавнего прошлого Московской патриархии – ее соучастию в служении культу личности Сталина – посвящена эта работа…»10
Кропотливо исследуя истоки перерождения высшей иерархии РПЦ, отец Глеб писал: «…Россия – страна, в которой в 1917 г. рухнула последняя христианская империя, а с ней и закончилась «симфоническая» эпоха. С революцией в России на месте христианского утвердилось государство атеистически-идеократическое, власть в котором захватила партия, поставившая задачу уничтожения в стране и во всем мире всякой религии и построения на земле «Царства Божьего», но без Бога. К революции, крушению христианского государства Русская Православная Церковь оказалась совершенно неподготовленной. Революционная «вивисекция» отделения Церкви от государства вызвала «болевой шок», от которого Русская Церковь не сумела оправиться вплоть до наших дней. Страдавшая цезарепапизмом, еще при Петре I полностью утратившая самостоятельность, Церковь не смогла твердо встать на ноги, обойтись без государственных «костылей».
Лишь немногие в Церкви осознали, что человечество уже вошло в полосу «великого отступления», что мир, по-видимому, окончательно дехристианизировался, а «симфоническая» эпоха безвозвратно миновала, что отношения с государством нового типа, в своих основах враждебном Церкви, должны строиться на принципиально новых началах, что современное положение Церкви в мире стало весьма похожим на положение Церкви в первые времена христианства…»11
Тщательно анализируя прельщение православных иерархов личностью генерального секретаря Иосифа Сталина, отец Глеб отмечает проявления ксенофобии и открытой вражды по отношению к инославным собратьям-христианам: «Резкое отрицательное отношение у Московской Патриархии вызывает Запад, протестантизм, в особенности – «Рим Первый» – Ватикан, Папа, католики. Вот, например, что писал на страницах «Журнала Московской Патриархии» священник М. Зернов: «Став во главе мировой реакции, тесно связав себя со всеми видами фашизма, Ватикан все дальше и дальше отталкивает от себя честных и искренних христиан, которые никогда не согласятся быть вместе с поджигателями войны, пытающимися толкнуть человечество к новой катастрофе… Надо думать, что верующие массы католиков заставят Ватикан избрать другую дорогу и перестать быть очагом развращения христианской нравственности. Надо думать, что они заставят Римского Папу вспомнить, что он в первую очередь – епископ христианской церкви и лишь во вторую – глава ультрамикроскопического государства» .