Рано утром 1 ноября 1979 года на квартиру к отцу Глебу пришли сотрудники КГБ. Как и Татьяну Великанову, к которой чекисты пришли тем же утром, священника увезли из дома рано, не сказав, что это арест, и не предъявив постановления на обыск. Следователь даже упрекнул его, когда отец Глеб начал прощаться с женой и детьми: «Что вы, Глеб Павлович, спектакль разыгрываете! Мы вызываем вас как свидетеля – скоро вернетесь». После того как отец Глеб был увезен, в его квартире начался повторный обыск. Постановление на обыск было подписано Яковлевым, проводили его старший лейтенант Новиков и сотрудники Московского УКГБ, Андреев и Ежопков. Протокол обыска содержал тридцать пять пунктов. Были изъяты:
– документы Христианского комитета (в том числе в виде изданной за рубежом книги) и бланки Комитета; многочисленные материалы о положении верующих; письма Патриарху Московскому и иерархам Православной Церкви, а также Папе Иоанну Павлу II;
– религиозные и философские книги, в том числе «Православная мысль», «Русские мыслители в Европе», «Литературное богословие», «Прозрачность» Вячеслава Иванова, книга С.М. Соловьева о Владимире Соловьеве, «Отверзи ми двери» Ф. Светова, брошюра «Наши подзащитные» (по делу В.К. Зайцева);
– письма, телеграммы, адреса, записные книжки;
– магнитофон и кассеты;
– две медицинские справки Г. Якунина (одна – о сделанной ему операции);
– фотокопия протокола обыска от 28 сентября.
Обыскивающие вели себя грубо. Жена отца Глеба, Ираида Якунина, отказалась подписать протокол, так как обыск проводился в его отсутствие. Только вечером она узнала по телефону от майора Яковлева, что ее муж арестован. В чем он обвиняется, он не сказал. 13 ноября в квартире Якунина был произведен третий обыск. В этот день его супруга обнаружила в почтовом ящике среди прочей корреспонденции письмо без конверта на иностранном языке (каком, она определить не смогла). Вскоре пришли сотрудники КГБ. На этот раз обыск проводил Каталиков. Поведение его и остальных сотрудников КГБ было вызывающе грубым (обыск начался окриком: «Стоять на месте!») и бесцеремонным (разбудили двухлетнюю дочь Якуниных). Ираиде Якуниной предложили выдать документы, литературу, иконы, валюту и другие предметы, «имеющие значение для уголовного дела». Она ответила, что иконы висят на виду, валюты у нее нет, а где документы и книги ее мужа, она не знает.
Обыскивающие забрали девятнадцать икон (почти все бывшие в доме) и деревянное распятие. (Иконы предварительно сфотографировали со вспышкой, разбудив ребенка). Изъяли также книги (в том числе снова «О нашем уповании» Д. Дудко), письма, пленки с любительскими фотографиями (сделанными старшей дочерью Якуниных). Ираида Якунина заметила, что все эти вещи были в доме и во время двух предыдущих обысков. Почему не брали раньше? Сотрудники КГБ теперь постоянно будут приходить? Следователи ответили: «И придем». Из «новых» предметов были изъяты письма, пришедшие уже после ареста отца Глеба, в том числе то письмо на иностранном языке, которое только что было вынуто из ящика.
Двое понятых активно участвовали в обыске. Кроме того, следователь вызвал соседку Якуниных по дому, В.Г. Ширяеву, и распорядился, чтобы она произвела личный обыск Ираиды Якуниной и двух девочек: шестнадцатилетней Маши Якуниной и ее подруги, приехавшей из другого города в гости. Во время личного обыска Ираиде велели находиться в маленькой комнате, а девочкам на кухне, так что следователи действовали фактически одни (обыск шел, главным образом, в большой комнате). Соседка (раньше она постоянно старалась «подружиться» с Ираидой и о. Глебом) профессионально провела обыск с раздеванием и прощупыванием швов одежды, доложила следователю, что ничего не обнаружено, но обратила внимание на то, что у Ираиды Якуниной нательный крестик – золотой. После этого следователь сразу же отпустил ее. И только по настойчивому протесту Якуниной фамилию Ширяевой записали в протокол (как еще одну понятую) и указали в протоколе факт проведения личного обыска.