Последний звонок от него был за месяц до смерти – накануне его госпитализации в ЦКБ. Я хорошо знал окружение отца Глеба и его семью. Вспомнить, очистив его имя от вымыслов и в то же время отказавшись от приукрашиваний, – долг церковного историка. Он прожил долгую, полную событий жизнь – за восемьдесят лет успел сделать немало. Особенно ярки и продуктивны были периоды его жизни накануне ареста в конце 70-х годов прошлого столетия и в первые годы после крушения СССР. Обычно смерть расставляет все по своим местам, и люди начинают понимать не только масштаб личности, но живо ощущают пустоту, образовавшуюся после его ухода. Священник Глеб Якунин остался не только в памяти тех, кто его любил, но и в истории РПЦ и России. Вряд ли исследователь, занимающийся второй половиной XX столетия и началом XXI, сможет пройти мимо. Придет время, когда будут собраны, прокомментированы и изданы его работы. И тогда можно будет дать оценку того, что он успел сделать.
В наших беседах отец Глеб часто жаловался на епископат и духовенство созданной им альтернативной Апостольской Православной Церкви. Хотя это было лишь начало, но в нем уже со всей силой бушевали человеческие страсти, грозя разодрать его на части. Несмотря на разочарования, он оставался верен своему делу. Дробление созданной им Церкви началось при его жизни. И он болезненно переживал это, понимая, что разлетевшиеся осколки никогда уже не собрать воедино. Он стремился возвратить созданную им Церковь к апостольским временам. Это был тот идеал, к которому он стремился и который вынашивал в течение всей своей жизни – и во время заключения в Пермском концлагере, и в Якутской ссылке.
Он всегда боролся до конца, никогда не сдавался. После синодальных прещений, не признав себя низложенным, отец Глеб в 1994 году был принят в «сущем сане» в неканоническую религиозную организацию «Украинская Православная Церковь – Киевский Патриархат». В то время Киевский патриархат возглавлял известный украинский правозащитник и узник советских политических лагерей, священник Василий Романюк (в монашестве – Владимир («патриарх Киевский и всея Руси-Украины»), хорошо известный Глебу Якунину еще с советских времен. После смерти патриарха Владимира (Романюка) в 1995 году, он не захотел оставаться в УПЦ КП и перешел в юрисдикцию «Российской Истинно-Православной Церкви», возводящей свое «иерархическое» преемство к неканонической «Украинской Афтокефальной Православной Церки». На ее основе и было создано «Движение за возрождение российского православия». Эти церковные структуры не были признаны ни одной из пятнадцати Православных Церквей. Их становление происходило с помощью интриг и подсиживаний. Они приглашали в свое лоно запрещенных епископов и священников, невзирая на их прошлое, которое в большинстве случаев вызывало немало вопросов. В такой атмосфере отец Глеб буквально задыхался.
В 1995 году, после того как он проиграл выборы во вторую Государственную Дума, создал «Общественный комитет защиты свободы совести». Он никогда не входил в круг политиков, близких к Борису Ельцину. Но всегда поддерживал президента. Решение Священного Синода о лишении его священного сана, а также падающий рейтинг Ельцина сыграли печальную роль в жизни отца Глеба. Решение Синода было принято вопреки Уставу РПЦ, в котором прописано, что прежде принятия подобных решений, дело должен расследовать Высший церковный суд. По сути Синод с канонической точки зрения превысил свои полномочия. Спустя два года отец Глеб вместе со Львом Левинсоном и Михаилом Осадчевым подал в Хорошевский межмуниципальный суд Москвы иск к Александру Дворкину, активному сотруднику отдела катехизации РПЦ. Дворкин затеял кампанию борьбы с протестантами и другими религиозными структурами, не относящимися к РПЦ. Иск требовал опровержения утверждений Дворкина как не соответствующих действительности и порочащих честь, достоинство и деловую репутацию ряда организаций – Общества сознания Кришны», Церкви Объединения», Богородичного центра». Но ситуация в стране быстро менялась. Островков свободы слова и убеждений становилось все меньше. Своеобразным экспертом на суде выступил православный священник Алексий Уминский, поддержавший Дворкина. Судебный процесс был проигран «Общественным комитетом».