На Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви, проходившем 19 февраля 1997 года, в отношении священника Глеба Якунина было принято определение, опять-таки нарушающее Устав РПЦ: «Освященный Архиерейский Собор констатирует, что Глеб Павлович Якунин не внял обращенному к нему призыву к покаянию и прекращению бесчинств, продолжал кощунственно носить священнические одежды, вступил в общение с раскольническим образованием лишенного всех степеней священства монаха Филарета (Денисенко), ныне отлученного от Церкви; продолжает возводить хулы на епископат, духовенство и верных чад Матери-Церкви, тем нанося ей ущерб. Освященный Архиерейский Собор, расследовав анти-церковную деятельность бывшего священника Глеба Якунина, на основании 28-го Апостольского правила, гласящего: «Аще кто епископ, или пресвитер, или диакон, праведно за явныя вины изверженный, дерзнет коснутися служения, некогда ему порученнаго, таковый совсем да отсечется от Церкви», а также 10-го правила Карфагенского Собора («Аще который пресвитер, противу епископа своего возгордясь, сотворит раскол: да будет анафема»), 14-го правила Сардикийского Собора, 4-го правила Антиохийского Собора, 13-го правила Двукратного Собора и 88-го правила святого Василия Великого, единогласно определяет: Отлучить Глеба Павловича Якунина от Церкви Христовой».
Вновь отказавшись признать законность постановления священноначалия Русской Православной Церкви, Глеб Якунин продолжил служение в неканонических религиозных образованиях. В 2000 году он инициировал создание Апостольской Православной Церкви», возникшей после распада «Российской Истинно-Православной Церкви». В «Апостольской Православной Церкви» Г.П. Якунин был наделен саном «протопресвитера». В шутку называл себя – «священнопрещеннейший» Глеб Якунин. Он понимал, что высший епископат РПЦ мстит ему за те разоблачения, которые он предпринял после провала путча. Благодаря ему стали известны псевдонимы многих архиереев, которые сотрудничали с КГБ. Но он не чувствовал себя обиженным. Хотя, полагаю, в глубине души испытывал боль, когда «собратья» во Христе стремились вышвырнуть его за ограду Церкви.
Архиерейский Собор не принял во внимание прошлые заслуги священника Глеба Якунина перед Русской Церковью. Еще до ареста, в июне 1976 года, ему удалось сплотить представителей всех христианских конфессий СССР и обратиться к руководству страны, чтобы напомнить им об основных положениях Хельсинского соглашения. Представители СССР подписали это соглашение, но не думали исполнять его. Впервые за всю историю Русской Церкви священник напоминал о необходимости исполнять взятые на себя обязательства: «Существующие законодательство и практика в области религии противоречат и международным обязательствам, принятым нашей страной: Декларации прав человека, Конвенции о борьбе с дискриминацией в области образования, Заключительному акту Совещания в Хельсинки, в частности, таким их пунктам:
«Каждый человек имеет право на свободу убеждений и на свободное выражение их» (Декларация, ст. 19). «Каждый человек имеет право на свободу мирных собраний и ассоциации» (Декларация, ст. 20). «Образование должно содействовать взаимопониманию, терпимости и дружбе между всеми народами, расовыми или религиозными группами» (Декларация, ст. 26).
«Родители имеют право приоритета в выборе вида образования для своих малолетних детей» (Декларация, ст. 26). «…родители и, в соответствующих случаях, законные опекуны, должны иметь возможность… обеспечивать религиозное и моральное воспитание детей в соответствии с их собственными убеждениями» (Конвенция, ст. 5). «…государства-участники будут признавать и уважать свободу личности исповедовать, единолично или совместно с другими, религию или веру, действуя согласно велению собственной совести…» (Заключительный акт, принцип VII)».
В тексте Обращения к руководству СССР было заявлено: «Противоречия – очевидны. Поэтому нет ничего удивительного в том, что верующие нашей страны бывают вынуждены апеллировать к международным правовым и христианским организациям. И нет ничего удивительного, что дискриминация верующих не может не отзываться болезненно в сердцах сотен миллионов христиан всего мира – которым нельзя же отказать в праве проявлять интерес и сочувствие к своим братьям по вере. Но удивительно, что столь явно во вред собственному международному престижу само государство создает предпосылки для подобных апелляции».