Он до конца жизни оставался верен Хельсинским принципам. Когда в новой России наметился возврат к авторитаризму, Якунин в ноябре 2005 года вместе с другими участниками московской Хельсинкской группы обратился к лидерам Запада, выражая озабоченность преследованиями российских граждан по политическим мотивам. Среди жертв преследования государства фигурировали ученые Игорь Сутягин и Валентин Данилов, адвокат Михаил Трепашкие, студентка Зара Муртазалиева, предприниматели Михаил Ходорковский и Платон Лебедев. Отец Глеб, а также ряд других правозащитников выразили озабоченность по поводу разгоревшейся в России «шпиономании» и преследования российских ученых сотрудниками ФСБ. Якунин выступил за перенесение дела профессора Оскара Кайбышева из Башкирии в любой другой регион, так как, по мнению правозащитников, «дело Кайбышева» – еще одно сфальсифицированное ФСБ дело против российских ученых.
Лев Пономарев, лидер движения «За права человека», вспоминал: «Я восхищался его заслугами в борьбе с тоталитарной системой до перестройки. Он хотел, чтобы люди могли свободно молиться, чтобы в православной церкви не было чекистских соглядатаев. Он разоблачал священников в погонах и за это был отлучее от церкви, получил пять лет тюрьмы и семь лет ссылки. Ссылку сократила перестройка, его реабилитировали, снова приняли в церковь. Когда я стал председателем парламентской комиссии, которая расследовала деятельность КГБ, он попросился в нее войти, получил доступ к документам и вскоре создал свое направление – расследование деятельности спецслужб в церкви. Но церкви это не понравилось, и его вновь отлучили, уже во второй раз».
Последние годы мы часто встречались с ним в Киеве. Я в это время работал над книгой о священномученнике и исповеднике, архиепископе Ермогене (Голубеве). Всякий раз, приезжая в Киев, я старался выбраться на его могилу на Корчеватском кладбище. Владыка в последние годы своей жизни стремился выбраться из Белоруссии на родину – в родной его сердцу Киев, где прошли его детские и юношеские годы. После октябрьского переворота патриарх Тихон назначил его наместником Киево-Печерской лавры. Здесь он был дважды арестован, отбыл ссылку, а в 1929 году был приговорен к смерти. Год ожидал приведения приговора в исполнение. За это время поседел – смертный приговор в 1930 году был заменен. Он отбыл десять лет в советском концлагере, который располагался на территории бывшего Саровского монастыря. Отец Глеб встречался с владыкой в начале 60-х годов, когда он управлял Калужской епархией. Но в те годы он недооценил подвига владыки. Когда я привез его на могилу архиепископа Ермогена, он отслужил литию. Вернувшись в Москву, настоял, чтобы владыка был причислен к лику святых в созданной им Апостольской Церкви.
Летом 2013 года мы встретились в квартире его старого друга, Виктора Андреева. Приехал и Лев Регельсон. Петербургский культуролог Елена Волкова решила сделать фильм о правозащитной деятельности отца Глеба. Усадила нас троих на диван, и мы долго вспоминали церковную Москву 70-х годов. Позже она вспоминала: «Он был воплощением христианской теодицеи: любое зло в его глазах было беременно добром. Будущее, причем всегда ближайшее будущее, он видел как кардинальную реформацию Церкви и общества. Любил, когда его называли маленьким Лютером. Считал всех выдающихся священников реформаторами, верил, что и за пределами земной жизни человек продолжает преображать мир. Узнав о гибели отца Павла Адельгейма, скончавшегося 5 августа 2013 года, с надеждой написал: