Средневековые медицинские учреждения долгое время занимаются одновременно и лечением больных, и помощью бедным и инвалидам. На отравлении спорыньей (в Средние века эту болезнь называют «Антонов огонь») в частности специализируются члены ордена госпитальеров Святого Антония (создан в 1095 г.), а за слепыми ухаживают в госпитале (Quinze-Vingts), созданной Людовиком Святым. Вопреки распространенному мнению, что эти учреждения преследовали в первую очередь благотворительные цели и, следовательно, не были достаточно укомплектованы медицинским персоналом, многие работающие в них служители Церкви, не являясь профессиональными врачами, тем не менее обладали достаточным багажом медицинских знаний. Не случайно многие древние труды по медицине бережно хранились и комментировались именно в монастырях. Такие врачи-священнослужители, помимо лечения больных, поддерживают их дух (часто приводя в пример Иова, являющегося образцом терпения) и морально готовят к смерти в случае неизлечимой болезни. Также они часто молятся за здравие поддерживающих больницы богатых представителей знати. Каноники, управляющие госпиталем в Лане, известны по всей Франции благодаря лечению неимущих, но при этом их услугами также пользуются местные ремесленники и аристократы. Монастырские «медпункты» управляются священнослужителями, имеющими медицинские знания, которые иногда лечат больных и в местных сельских больницах. Хильдегарда Бингенская (годы жизни 1098–1179), знаменитая аббатиса бенедиктинского монастыря, пишет книги по медицине, в которых она советует применять лекарственные травы и драгоценные камни для лечения некоторых болезней.
Тем не менее, в конце XII и особенно в начале XIII вв. служители Церкви уже перестают выполнять обязанности врачей. Представители нового поколения светских медиков уже не лечат души больных и поэтому считаются излишне скупыми, однако, принимая оплату за свои услуги, они тратят эти деньги на жизненно необходимые вещи. Их часто привлекают для работы с больничными документами и для участия в специальных комиссиях, принимающих решение о методах лечения проказы, так как после григорианских реформ Церковь часто осуждает священнослужителей, слишком увлеченных медициной и поэтому нарушающих религиозное табу, запрещающее им иметь дело с кровью. Превращение медицины в светскую область деятельности сопровождается образованием союзов врачей и аптекарей. Несложные медицинские процедуры (кровопускание и простые операции) доверяют цирюльникам, а также акушеркам, если речь идет о приеме родов.
Перестав заниматься медициной, Церковь тем не менее не прекращает яростно критиковать всевозможных знахарей, особенно пожилых целительниц, якобы способных исцелять травами и другими народными средствами. «Книга о лекарственных травах» (Livre des simples médecines), составленная в 1130–1160 гг. в Салерне Матфеем Платеарием, становится настоящей Библией для всех европейских аптекарей. Медицинская школа этого города считается весьма престижной, но к ней относятся недоверчиво из-за того, что в нее допускаются женщины. Кроме того, в школе Шартра (в XI–XII вв.), а затем и в Парижском университете начинают преподавать теоретическую медицину, в то время как университет Монпелье переключается на практические исследования (в период с 1204 по 1349 гг. Монпелье сперва является частью королевства Арагон, а затем его присоединяют к Майорке). В этом университете преподает Арно де Вильнёв (скончался в 1311 г.), лечащий врач пап римских, который там же пишет свои труды «Введение в медицину» (Miroir des introductions médicinales) и «Мотивация врачей» (Des diverses intentions des médecins). Кроме этих признанных светил медицины, на юге Франции появляется множество врачей-евреев, которые получают медицинское образование в своих национальных школах. Пик их активности приходится на XII в., и несмотря на различные запреты у них существует немало клиентов-христиан. Впоследствии из-за постоянных гонений им приходится прекратить свою врачебную практику.
Способов диагностики существует не так много: измерение пульса, анализ крови, лимфы и слизистых выделений, желчи (желтой и черной) и мочи.
Врач изучает мочу лежачего больного (Vidal Mayor, Getty, Mus., Ludwig XIV. 6, 83. MQ. 165, f° 28v; XIIIe siecle)