В 1938 году оставался единственным начальником отдела Главного управления государственной безопасности, которому удалось сохранить свой пост после смещения Ягоды и прихода в НКВД Ежова.
По официальной версии смерть произошла от сердечной недостаточности.
На самом деле Слуцкий был отравлен по приказу наркома внутренних дел СССР Н. И. Ежова.
Арестованный в 1938 году бывший начальник отдела оперативной техники НКВД М. С. Алёхин показал, что Слуцкий был отравлен им путём инъекции цианистого калия при непосредственном содействии Фриновского и Л. М. Заковского.
В 1939 году арестованный бывший нарком внутренних дел СССР Н. И. Ежов подтвердил эту версию.
Временно исполняющим должность начальника Иностранного отдела стал Шпигельглас.
Во времена сталинского террора Шпигельглас отвечал за «литерные операции».
Именно он проводил операцию по убийству во Франции перебежчика — бывшего резидента ИНО НКВД в Стамбуле Георгия Агабекова.
Агабеков буквально исчез, и его труп никогда не был найден.
После неудачной попытки убийства Льва Троцкого в 1937 году он провел операцию по устранению в Швейцарии перебежчика — бывшего сотрудника ИНО НКВД Игнатия Рейсса, порвавшего со Сталиным из идейных соображений.
В том же году он принял участие в похищении в Париже председателя РОВС генерала Е. К. Миллера и убийстве агента ИНО в РОВС генерала Н. В. Скоблина, который принимал участие в похищении генерала Миллера.
Позже он разрабатывал операции по устранению лидера ОУН Евгения Коновальца, одного из организаторов и руководителей Четвёртого Интернационала, сподвижника Льва Троцкого Рудольфа Клемента и сына Троцкого Л. Л. Седова.
Как считали некоторые политики, кровавые и бесцеремонные действия Шпигельгласа в 1937–1938 годах привели к заметному ухудшению отношений СССР с Францией и Швейцарией.
Шпигельглас занимался также подготовкой разведчиков-нелегалов, преподавал в разведывательной школе.
Осенью 1938 года Шпигельглас был арестован по обвинению в «сотрудничестве с иностранными разведками и участии в троцкистском заговоре в НКВД».
Вместе с ним по обвинению в антисоветском заговоре был арестован старший майор государственной безопасности, начальник внешней разведки Зельман Исаевич Пассов.
Он был опытным чекистом, достигшим в контрразведывательном и Особом отделах ОГПУ — НКВД больших должностей и званий.
Однако в делах разведки новый начальник разбирался крайне слабо, а приобрести необходимые разведывательные навыки ему не хватило времени.
Об аресте Пассова Ежов лично докладывал Сталину.
«Пассов, — говорилось в протокле его допроса, — вместо живой практической работы по белым, по офицерству, по выявлению посылок РОВСом своей агентуры в СССР, намеренно занимался так называемым легендированием, которое создавало внешнюю видимость против-белой работы, чтобы скрыть подлинные базы белых на территории страны…»
Насколько эти обвинения были серьезными, настолько и лживыми.
Именно в тридцатые годы советская разведка добилась значительных успехов в работе по Русскому общевоинскому союзу и по белой эмиграции в целом, располагая в этих кругах надежной и проверенной агентурой.
Пока шло следствие, особое бюро при наркоме внутренних дел попросило «предателя» Пассова написать учебник по ведению разведки за раницей.
Как только он закончил свой труд, его приговорили к высшей мере наказания и в тот же день расстрелян.
Более того, как потом узнал Судоплатов, в соседней с Пассовым камере писал «Наставление для резидента по диверсии» другой «предатель», видный советский разведчик Я. И. Серебрянский, бывший руководитель Особой группы при председателе ОГПУ.
Он был приговорен к расстрелу за шпионскую деятельность в пользу Англии и Франции, а также за заговор в органах НКВД.
Однако Серебрянскому повезло больше чем Пассову. Началась Великая Отечественная война, и разведке катастрофически не хватало опытных сотрудников.
Серебрянский был амнистирован, освобожден из заключения с прекращением уголовного дела и снятием судимости, восстановлен в органах госбезопасности и в партии и длительное время работал на руководящих должностях в НКВД.
Судоплатов хорошо знал всех этих людей и успешно работал с ними.
«Когда арестовывали наших друзей, — напишет он много позже, — все мы думали, что произошла ошибка. Но с приходом Деканозова впервые поняли, что это не ошибки.
Нет, то была целенаправленная политика. На руководящие должности назначались некомпетентные люди, которым можно было отдавать любые приказания.
Впервые мы стали опасаться за свои жизни, оказавшись под угрозой самоуничтожения собственной же системой.
Именно тогда я начал размышлять над природой системы, которая приносит в жертву людей, служащих ей верой и правдой.
Я считаю Ежова ответственным за многие тяжкие преступления. Больше того, он был еще и профессионально некомпетентным руководителем…»
Незадолго до этих событий он вернулся в Центр из успешной долгосрочной загранкомандировки и занимал должность начальника испанского отделения.
После ареста З. И. Пассова года ему приказали исполнять обязанности начальника внешней разведки.