Российские власти подтвердили казачьи права, привилегии и суды, привилегии шляхты, православного духовенства, городских самоуправлений. Реестр Войска устанавливался в 60 тысяч человек. Сохранялись полковое устройство, войсковая администрация, получавшая очень широкие полномочия. А также выборность гетмана, избиравшегося пожизненно, причём царские власти только извещались о результатах выборов. Подтверждались и его имущественные права. Казачьи органы власти, ко всему прочему, получали право определять сословную структуру общества Малой Руси, решая, кто принадлежит к казакам, а кто к крестьянам. Сохранялись и местные судебная и финансовая системы.
Налоги с Гетманства (податных сословий) должны были собираться местными представителями и передаваться московским налоговым чиновникам («и доходы всякие вправду в казну царского величества отдавати»), последние также осуществляли контроль за точностью и прозрачностью сбора налогов. Но идти эти налоги должны были, главным образом, на внутренние нужды Гетманства: из этих средств должно было выплачиваться жалование реестру. Но вопрос этот был отложен до выяснения размеров доходов, которые можно было взимать с Малой Руси. А до тех пор выплату жалованья взяла на себя российская казна, что являлось дополнительной нагрузкой на и без того не слишком большой бюджет страны. Выплаты по 30 золотых на рядового казака (на старшину — больше) при размере реестра в 60 тысяч человек давали 1,8–1,9 миллиона в год.
Естественно, такой вариант, при котором за всё платит Москва, а деньги остаются в Гетманстве и оседают в их собственных карманах, устраивал гетманскую администрацию и казачью старшину, которые в дальнейшем всячески (вплоть до организации выступлений и мятежей) препятствовали проведению российскими представителями переписи населения, попыткам взимания налогов с Малороссии в государственную казну и перенесения содержания казачьего войска с российского бюджета на Гетманство. Ведь по заключённым «Статьям» казачья верхушка оказывалась в стороне от финансов: заниматься сбором налогов должны были представители городских самоуправлений (войты, бурмистры, лавники, райцы) и передавать их напрямую царским представителям. Но «сидеть на финансовых потоках» и иметь полную фискальную власть над подконтрольным малороссийским населением казачья верхушка хотела сама. Этим обстоятельством, кстати, в немалой степени объясняется не только её последующие действия: уклонение от выплат доходов в Москву, препятствование проведению переписи населения, а то и открытый мятеж, но и стремление подчинить себе города и местные самоуправления (этим казачьи власти занимались всю вторую половину XVII — первую половину XVIII веков).
Широкая сословная и территориальная автономия, полученная Войском Запорожским от правительства, была ограничена верховной властью (над ним и Малой Русью) русского монарха, которого малороссияне признали своим государем. Этот государь имел право пожалования земель и имущества (то есть, являлся их верховным собственником), обладал полномочиями подтверждения и утверждения прав и привилегий сословиям и правом управлять неказачьим населением. Ограничением была и обязанность казачьей администрации выдавать беглых великороссиян. Также в Киеве должен был находиться воевода с гарнизоном. Заметим, что изначально присутствие российских войск предусматривалось лишь в одном городе Гетманства, а ведь в феврале 1654 года началась русско-польская война! Гетману запрещалось иметь контакты с польским королём и турецким султаном без дозволения царя. Главы прочих государств в этот «стоп-лист» не попадали (единственно, следовало задерживать их послов, доставивших враждебные предложения, и сообщать об этом в Москву)[103].
Ограничена автономия была, как уже говорилось, и взятой на себя Хмельницким и Войском Запорожским финансовой подотчётностью царю и обязательством платить в государеву казну налоги. Да, по факту вплоть до первых десятилетий XVIII века никаких доходов в Москву из Малороссии не поступало. Но это не отменяло юридически прописанных принципов взаимоотношений Войска и Московского государства, которые были зафиксированы в мартовских «Статьях» (и от которых впоследствии стороны вели отсчёт разграничения своих полномочий).