Далеко не все защитники монастыря оказались способны выдержать жестокие испытания, некоторые бежали в стан неприятеля. Начались конфликты между начальствующими, посыпались взаимные обвинения в измене. По приказу князя Долгорукова был схвачен монастырский казначей Иосиф Девочкин. Воевода велел его пытать, что вызвало возмущение архимандрита и братии. Долгоруков писал в Москву Авраамию Палицыну, что монахи «после Осифова дела всякую смуту начали и мир возмутили». За казначея вступились архимандрит Иоасаф и королева старица Марфа Владимировна, племянница Ивана Грозного. Когда же казначей скончался, его с честью погребли в обители. Однако часть монастырской братии приняла сторону князя Григория. Вражда установилась также между Долгоруковым и вторым воеводой, Голохвастовым, страдавшим от цинги. «Смуты, государь, у нас творятся великие», – писал старец Симеон келарю Авраамию Палицыну в Москву, заключая этим свой рассказ о том, что в обители «миром всем неведомо про што» убили некоего Митю…
Не только в измене, но и в несправедливости обвиняли друг друга «троицкие сидельцы». Стрельцы и монастырские слуги жаловались царю Василию, что не получают достаточно «корма», монастырские власти, в свою очередь, обвиняли их в жадности и непослушании. Тяжко было раненым, которые не получали должного ухода и питания. «А иные, государь, мы, холопи твои, лежим ранены, а от лечения и на зелье дати нечево ж», – жаловались они государю. Более-менее справедливое распределение припасов ввел в осажденной обители только воевода Давыд Васильевич Жеребцов, прорвавшийся в монастырь уже в конце осады и взявший на себя заботу об обеспечении нуждающихся. По его распоряжению больным и раненым стали давать «на всяк день: из хлебни мяхкой хлеб, да ис поварни шти да каша брацкая, а из келарские по звену рыбы на день человеку». Однако к тому времени большинство защитников монастыря уже умерли от ран, болезней и истощения.
Об измене (мнимой или реальной) сообщает и письмо несчастной царевны Ксении Годуновой, в иночестве Ольги, находившейся вместе с другими монахинями в осаде, адресованное ее тетке княгине Домне Ноготковой:
И я у Живоначалные Троицы в осаде, марта по 29 день, в своих бедах чуть жива, конечно (смертельно. – С. Ш.) болна; и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти, потому что у нас в осаде шатость и измена великая. Да у нас же, за грех за наш, моровая поветрея: всяких людей изняли скорби великия смертныя, на всякий день хоронят мертвых человек по двадцати и по тридцати и болши; а которые людя посяместо ходят, и те собою не владеют, все обезножили.
Зимой цинга ежедневно уносила по 10 человек, весной – 20–30, а в мае число смертей доходило до 100. Люди умирали в страшных мучениях, «распухневаху от ног даже и до главы; и зубы тем исторгахуся…» Осажденным было некуда деваться: «…внеюду – мечь, внутрь же юду – смерть. И не ведуще же, что сотворити: или мертвых погребати, или стен градских соблюдати…»
В мае 1609 года из монастыря перебежал в лагерь Сапеги крестьянин Иван Дмитриев. Его «роспросные речи» являются ярким свидетельством не только катастрофического положения осажденных, но и их стойкости, несмотря на потери, болезни и внутренние конфликты: