Самым крупным событием времени царствования Фёдора Ивановича стало учреждение Патриаршества в 1589 году, о чём ранее уже говорилось. Это непосредственная заслуга Царя, Патриарха Иова и, конечно же, Бориса Годунова, который вёл все переговоры по этому поводу с представителями восточных патриархатов. Появление Патриарха в Москве знаменовало новый исторический этап существования России в образе Государства-Церкви, обретшей отныне все высшие знаки для исполнения вселенской мессианской миссии. Здесь существует и ещё один момент, который в данном случае нуждается во внимании. Деятельное участие Годунова в отстаивании этой идеи — учреждения Патриаршества — волей-неволей приводит к мысли, что им двигало далеко не только личное тщеславие государственного человека. Думается, что это и пример его личного благочестия.
Многие православные люди чаяли увидеть сияние на Русской земле патриаршего сана. К их числу относился и Борис Годунов, которого враги неизменно выставляли чуть ли не еретиком; Иван Тимофеев, например, даже называл Бориса Годунова «богоборным Царём».
Хотя каких-либо прямых подтверждений личного благочестия со стороны самого Бориса Годунова не сохранилось, но благочестие Третьего Царя не раз удостоверялось выдающимися иерархами. Речь об этом применительно к Первопатриарху Иову шла ранее, и возвращаться тут нет надобности. Существовали и другие яркие примеры признания. Так, весьма чтимый в православном мире Иерусалимский патриарх (1579–1607) Софроний IV прислал Борису Годунову вместе со своим благословением и чудный дар, великую святыню, икону Божией Матери, принадлежавшую в IV веке матери Равноапостольного Императора Константина святой Царице Елене^^^ Если бы Софроний не был наслышан о Богопреданности Третьего Царя, то вряд ли когда-нибудь расстался с бесценной реликвией.
К тому же надо принимать обязательно к сведению, что Борис Годунов фугирировал на общественной сцене многие годы, на него были постоянно направлены тысячи и тысячи глаз и любое не то уклонение, но даже незначительное послабление в соблюдении православного обряда незамедлительно было бы замечено и стало бы предметом пересудов. Но никто, даже его враги, которых было предостаточно, не могли ему тут ничего конкретного вменить в вину, хотя и постоянно обвиняли его в «лицемерии». К тому же и Царь Фёдор и сестра Годунова Царица Ирина были полностью и целиком преданными Вере Христовой, и оба несомненно ценили и любили Бориса. Подобных высоких чувств никогда бы у них не возникло, если бы царский шурин и царицын брат не являл пример образцового благочестия...
Выдающимся событием царствования Фёдора Иоанновича было победоносное возвращение России на Балтику. Собственно, это стало завершением старой Ливонской войны, которую Московское Царство с перерывами вело с 1558 по 1583 год. «Цена вопроса» для России: с одной стороны, выход на торговые отношения с Западной Европы через один из морских портов на Балтике, а с другой — безопасность западных рубежей государства. Ещё в 1492 году, при Иоанне III, на правом (восточном) берегу реки Нарвы была воздвигнута русская крепость Ивангород, названная в честь Московского Великого князя. Но она была легко уязвима. Постоянно обстреливалась с противоположного берега, со стороны года Нарвы, находившего в руках шведов. Нужны были более надёжные порты и пути в Западную Европу.
Первоначально противниками России в Ливонской войне являлись «ливонская конфедерация » — бывший католический Ливонский орден, который в 1557 году фактически вошёл в состав Польши, княжество Литовское, объединившееся в 1569 году с Польшей в единое государство (Речь Посполитую), ставшее главной силой агрессии против России, а также — Швеция, Дания, Ганзейский союз, Римская империя германской нации. Была и ещё одна сила, которая постоянно беспокоила русских и представляла как бы угрозу уже с другой стороны: Крымское ханство. Почти за двадцать пять лет Ливонской войны крымцы только три года не совершали своих опустошительных набегов на Русь. Военные действия шли с переменным успехом, но окончилась война для России неудачно. в январе 1582 года в местечке Ям-Запольский (недалеко от Пскова) было заключено перемирие с Речью Посполитой на десять лет, по которому Россия отказывалась от Ливонии и белорусских земель, но ей возвращались некоторые пограничные («порубежные») земли. В августе 1583 года заключается Плюсское (от названия реки Плюссы) перемирие со Швецией, по которому к Швеции отходили Копорье, Ям, Ивангород и прилегающая к ним территория южного побережья Финского залива. Россия теряла выход на Балтику, лишалась возможности вести широкую торговлю с Западной Европой.