Случившееся вызвало шквал возмущений как при дворе, так и в стране, и на какое-то время брак королевы стал невозможным по политическим причинам. Тем не менее Елизавета и Дадли (а возможно, только сам Дадли) решили прибегнуть к крайним мерам и вступить в брак вопреки внутренней оппозиции. В середине января 1561 года союзник Дадли сообщил испанскому послу, что королева и Роберт пойдут на восстановление в Англии католицизма, если Филипп II окажет им поддержку в заключении брака и поможет избежать последствий, с ним связанных. Планы вновь разрушил Сесил. Возможно, именно он сделал эту историю достоянием публики. Арестовав ведущих католиков из мелкопоместных дворян и обвинив их в незаконных мессах, он создал видимость папского заговора, поселив в душах людей страх перед реставрацией католицизма.
Вероятно, возникший в Лондоне общественный протест убедил Елизавету в том, что «испанская стратегия» невозможна. Она отрицала перед испанским послом, что когда-либо планировала возрождение католической религии. Тайный совет решил не принимать папского посла, и к началу мая 1561 года все было закончено. Сесил избрал блестящую тактику: он свел к нулю шансы Роберта Дадли стать королем, наглядно продемонстрировав Елизавете масштаб враждебности аристократии и народа по отношению к браку с Дадли, но он же тем самым обрек ее на роль королевы-девственницы. Возможно, именно в это время королева решила никогда не выходить замуж.
Использование английских послов за рубежом было любимым способом манипуляций Сесила. В 1562 году «передовые» советники подталкивали Елизавету к тому, чтобы она оказала военную поддержку французским протестантам и присоединилась к международной Протестантской лиге. Сесил действовал не напрямую, а через Кристофера Мундта, посла в Германии. Он подучил Мундта уговорить немецких монархов-протестантов послать к Елизавете эмиссара, чтобы предложить совещание и союз.
Как только стало очевидным нежелание Елизаветы выходить замуж, от нее стали настойчиво требовать объявления наследника престола. Тайный совет разделился на три группы, каждая из которых поддерживала своего претендента, а Елизавета еще более ухудшила положение вещей, предложив Роберту Дадли стать регентом королевства. Уильям Сесил, ожидая беды, писал в 1563 году парламенту: «Я думаю, что следует предпринять все возможное, чтобы утвердить наследника престола, но я боюсь, что нежелание Ее Величества объявить его может стать препятствием на этом пути». Так оно и случилось.
Палата лордов и палата общин обратились к королеве с просьбой назначить наследника.
Лорд-канцлер Бэкон в палате лордов и секретарь Cесил в палате общин организовали совместную делегацию обеих палат к королеве по поводу престолонаследия.
После того как королева попыталась отменить парламентские дебаты по поводу назначения наследника, в Лондоне начали появляться плакаты, подвергавшие критике ее поведение. Они, кроме того, несправедливо обвиняли Уильяма Сесила в том, что наследник не был назначен. О королеве складывалось мнение как о безответственной и пренебрегающей благополучием своих подданных.
Елизавета и правда отказывалась провозгласить наследника и всячески пыталась не допустить обсуждения этого вопроса.
Что касается религии, то Сесил являлся противником преследований, но признавал необходимость государственной религии. Елизавета не хотела разрывать связи с папским престолом. Только жесткая политика папы Павла IV, который объявил младшую дочь Генриха VIII незаконнорожденной, окончательно оттолкнули Елизавету от католичества. Сесил убедил королеву, что в ее интересах выступать за реформированную церковь. Это был мудрый совет: английские католики считали сомнительными права Елизаветы на престол и были склонны устраивать заговоры в пользу шотландской королевы Марии Стюарт, которую объявили единственной законной наследницей трона. В 1559 году были изданы парламентом законы, окончательно сформировавшие англиканскую национальную церковь. Именно благодаря искусству Сесила, в палате лордов прошел, правда, не без труда, билль, восстанавливающий господство короны над церковью.
Влияние на королеву считалось очень важной стороной. Секретарю следовало узнать, в каком настроении королева, прежде чем идти на встречу с ней; он не должен был поднимать важных вопросов, если она была сердита; он должен был вести непринужденную беседу, чтобы отвлечь ее, когда она подписывала официальные документы; и он должен был поддерживать хорошие отношения с ее фаворитами во время заседаний.
Однажды Сесил был взбешен тем, что доклад поступил прямо к королеве, миновав его. В июне 1568 года Фрэнсис Ноуллз написал Сесилу тринадцатое письмо, посланное с тех пор, как он стал стражем Марии Стюарт в замке Болтон; два попали к королеве, одно к Совету, а десять остались у Сесила. Таким образом, секретарь мог влиять на королеву, отбирая информацию, а также тем, как он ее представлял.