Ситуация осложнялась и тем, что не дремали и внешние силы. Испанский король Филипп II поддерживал католическую оппозицию и Карла Бурбона, рассчитывая в случае удачи на признание испанской инфанты Изабеллы первой претенденткой при выборе супруги французского короля. Католическая оппозиция допускала иноземное вмешательство в дела Франции. Однако французы сделали выбор в пользу короля-протестанта, свободного от иноземного давления.
В это ответственное время армия Генриха Наваррского начала военные действия. В октябре 1587 года она одержала блестящую победу над оппозицией при Кутра. Но это было только начало. Семь лет Генрих Наваррский боролся за престол и за независимую Францию. Все эти годы на его пути стояла католическая оппозиция, поддерживаемая церковью и папой. В смертельной схватке с оппозицией в 1589 году погиб последний представитель правящей династии король Генрих III.
Генрих Наваррский все более убеждался, что ключ к умиротворению не в использовании силы, а в дипломатии – переговорах и взаимных уступках. Уход с политической арены Генриха III открывал перед законным наследником французского престола дорогу к власти, хотя и весьма нелегкую. Еретику с небольшой армией преданных людей противостояла Католическая лига, поддерживаемая папой римским и Испанией.
В августе 1589 года на правах законного наследника французского престола протестант Генрих Наваррский выступил с декларацией, в которой обещал поддержать во Франции римско-католическую религию в ее целостности. Декларация не предусматривала нарушения социального статуса ни католиков, ни протестантов, однако обещала вернуть католикам отнятое у них имущество.
Дворянство в общей массе было недовольно заявлением претендента на престол. Кроме того, к концу 1589 года почти все крупные города выступали за Католическую лигу. На стороне Генриха Наваррского оставались южные и западные города. В противовес Испании и папе король Наварры мог рассчитывать на помощь английской королевы, немецких протестантских князей, Нидерландов и Венеции. Но союзники ставили свои условия. Положение складывалось не простое.
Крушение плана посредством мирных переговоров и национального собора прийти к согласию заставило наваррца принять вызов оппозиции и готовиться к войне, прибегнув к новой тактике. Он разделил армию на три части: одну направил к Шампани, другую к Пикардии, третью – к Нормандии. Северное побережье открывало связь с союзницей Англией.
С армией меньшей численности и с незначительной помощью иностранных наемников Генрих Наваррский осадил Париж. Длительность осады заставила его начать переговоры с городскими властями, которые ни к чему не привели, но вынудили его дать бой на подступах к Парижу.
В январе 1593 года в осажденном Париже собралась ассамблея сторонников Лиги. На этом собрании в нарушение традиции престолонаследия был поставлен вопрос о выборах короля. Дебаты лигеров продолжались полгода, но выход так и не был найден. Между тем эта ситуация подтолкнула Генриха Наваррского на решение об отречении от протестантской веры, которого давно от него ожидали.
Отречение от протестантской веры и причащение по католическому обряду не имели силы без санкции Святого престола. Генрих Наваррский должен был предстать перед папой. Вместо этого он отправил в Рим Клименту VIII послание. Папа не ответил наваррцу. И наследник престола короновался без папского благословения.
27 февраля 1594 года, вопреки традиции, в Шартре, а не в Реймсе состоялась торжественная коронация. А 22 марта Генрих IV вошел в Париж. Гарнизоны Филиппа II покидали город. Парижане в сомнении и страхе ожидали первых распоряжений нового короля. Генрих IV принял единственно разумное решение – не преследовать своих противников и не конфисковывать их имущество, надеясь своим миролюбием обезоружить бывших врагов.
Однако не все города безоговорочно приняли короля. Жители ряда городов как на севере, так и на юге Франции небезуспешно пытались выкупить свои городские свободы и право на отправление протестантского культа. Сын убитого Генриха Лотарингского герцог Гиз отдал Генриху IV Реймс за 3 миллиона ливров. Король без колебаний шел на эти сделки, стремясь убедить своих новых подданных в том, что главная цель его действий не столько заслужить титул первого сына церкви и наихристианнейшего короля, сколько позаботиться о согласии и объединении всех французов.
Этим усилиям короля противодействовала активность еще живой Католической лиги и ее испанского покровителя: Филипп II держал свою казну открытой для оплаты солдат во Франции. Отречение и коронация Генриха Наваррского без санкции Святого престола вызвали неоднозначную реакцию как в самой Франции, так и в Риме. Папа опасался излишней самостоятельности французов. Генрих IV, объявив себя защитником католической церкви, вовсе не желал разрыва с Римом. Так или иначе, но осенью 1595 года в Риме папа Климент VIII согласился заочно принять отречение и, отпустив грехи, ввести французского короля в католическую церковь.