Во многих отношениях эта потеря для Новой Испании была тяжелой. Замечательные планы францисканцев вырастить священнослужителей из местного населения были забыты. Колледж в Сантьяго-Тлателолько пришел в упадок ввиду недостаточной поддержки, и в начале XVII века его здания превратились в развалины. Идея об изолированных сельскохозяйственных общинах индейцев под руководством церкви уже утратила покровителей, а вместе с нею утратилась еще одна гарантия неотчуждения индейских земель и нераспространения латифундий, находящихся в собственности испанцев. Так или иначе картина тысячелетнего христианского царства поблекла среди суровой реальности колониальной жизни.
Упадок деятельности монахов нищенствующих орденов в колонизованной Новой Испании не был, разумеется, концом миссионерства в Индиях. Ordenanzas sobre descubrimientos (законы об открытиях) в 1573 году, которые запретили вооруженные entradas, возложили ответственность за умиротворение приграничных районов, главным образом на миссионеров, а миссии монашествующего духовенства были самыми характерными для приграничных районов Индий институтами до сравнительно современной эпохи. В горнодобывающих районах Халиско развитие францисканских миссий и монастырей – в сравнительно скромных масштабах – продолжалось до конца XVII века и далее. В этом огромном горном регионе учреждение немонашеских приходов было предпринято полувеком позднее, чем в центральной части Новой Испании. В конце XVII века миссии францисканцев проникли еще дальше, растянувшись тонкой длинной цепочкой от Мехико до Калифорнии. Местность была необжитая, а многие ее обитатели – примитивные и враждебные, так что сами монахи и несколько сотен обращенных индейцев, живших при каждой миссии, должны были жить под защитой срубов и окружающих их массивных стен. В XVIII веке большинство пограничных блокгаузов были укомплектованы небольшими военными гарнизонами, или presidios.