Три фактора в этой ситуации долгое время удерживали епископов от согласованных действий с целью взять миссии под свой действенный контроль: явная поддержка орденов первыми двумя вице-королями Новой Испании; тот факт, что многие епископы сами были членами нищенствующих орденов; и нехватка немонашеского духовенства. Тем не менее корона, как покровительница, не могла бесконечно терпеть непримиримый раскол между двумя ветвями духовенства, особенно ввиду принятого Тридентским собором[60] решения о том, что ни один церковнослужитель не может иметь власть над мирянами в плане врачевания душ, если он не подчиняется власти епископа. В Перу это решение было приведено в исполнение без особых трудностей. В Новой Испании оно встретило сопротивление. Филипп II был вынужден указать на невозможность укомплектовать большую часть существующих там приходов священниками не-монашеского толка и обратился к папе римскому Пию V издать новую буллу Exponi nubis fecisti, которая в 1567 году подтвердила привилегии, дарованные Адрианом VI. Однако эти привилегии могли быть аннулированы правом на представление кандидатов на церковные должности согласно Patronato. В 1574 году корона наконец встала на сторону епископов. Cédula (свидетельство, документ) того года дала каждому епископу, одобренному вице-королем как вице-покровителем, всю власть над монахами в своей епархии, их передвижениями и представлением в приходах. Еще тремя годами раньше административная и функциональная структура святой инквизиции была распространена на Индии. Эта грозная сила была озабочена главным образом искоренением ереси и надзором за значительными массами евреев и conversos (новобращенные), которые приехали в Индии. Она также была мощным дисциплинарным инструментом среди духовенства; в частности, она очень помогала епископам, ужесточая дисциплину и поддерживая стандарты поведения среди немонашеского духовенства. Утверждение монахов, что только они могут помогать индейцам, становилось все труднее подкреплять. В конечном счете указ 1583 года постановил, что всюду, где возможно, в приходах должны быть представлены предпочтительнее священнослужители немонашеского толка, а не монахи. В то время в Новой Испании работали около 500 священников-немонахов.
В 1570 году закончился великий век миссионерской деятельности в Новой Испании. Когда их особые привилегии были ограничены, а сфера деятельности все более сужалась, монахи встали перед выбором: удалиться в свои монастыри и заниматься рутинными приходскими обязанностями под дисциплинирующей властью епископа до тех пор, пока им на замену не найдутся священники немонашеского толка, или уезжать на периферию колониального мира и основывать там новые миссии. Их тяжелое положение нельзя было целиком отнести на счет ссор с епископами и королевских законов – это были сопутствующие симптомы, а не основополагающие причины упадка деятельности орденов нищенствующих монахов. К 1570 году их первые фанатики уже умерли, а воодушевление и пыл первых дней во многом поугасли. Письма Мендиеты – автора Historia eclesiástica Indiana и других выдающихся францисканцев полны жалоб не только на преследования со стороны епископов, но и на равнодушие и хаос в провинциях. Попечители слагали с себя полномочия и просили о возвращении в Испанию; число приезжавших в Индии новобранцев было небольшим, и они все были плохо подготовленными и невежественными; из оставшихся монахов немногие были готовы путешествовать, и никто не хотел брать на себя труд изучать местные языки. Умные францисканцы даже ставили под сомнение ценность уже проведенной работы: произведения Саагуна полны пессимизма в отношении эффективности уже осуществленных обращений индейцев в христианство. Только в надежде повысить эффективность распространения христианства он занялся изучением культуры ацтеков, что навлекло на него неудовольствие его более ортодоксального начальства. Явное ослабление строительной деятельности монахов нищенствующих орденов тоже могло быть свидетельством упадка, хотя на нее в гораздо большей степени оказала влияние катастрофическая эпидемия 1576 года и тот факт, что строительство монастырей достигло точки насыщения во многих частях Новой Испании. Правда состояла в том, что миссии нищенствующих монахов в населенных регионах исчерпали свою примитивную функцию. Подобно тому как покрытые боевыми шрамами конкистадоры сменились чиновниками и юристами в администрации Индий, так и босоногим монахам пришлось уступить место приходским священникам, как только духовное завоевание показалось прочным.