В Новой Испании сам успех монашеских миссий принес свои проблемы. Их влияние на индейцев и власть, которую они получили благодаря королевской и папской поддержке, дали им на время фактически независимую власть и сделали их объектом зависти на местах. Неизбежно они оказались вовлечены в сложную борьбу за власть сначала с главами колониального сообщества encomenderos, а затем с епископами и немонашеским духовенством. Разногласия с encomenderos были очевидными: политика орденов неминуемо вмешивалась в управление трудом индейцев, от которого зависела экономическая деятельность в Испании. Они касались сохранения – даже расширения – индейского общинного сельского хозяйства для обеспечения миссионерских городов. Потребность миссий в труде индейцев и их успех в его получении для строительства церквей, монастырей и новых жилищ напрямую конкурировала с потребностями мирян-испанцев. Encomenderos жаловались на расточительность миссионерских строительных программ. Особые подозрения у них вызывали школы и предложение обучать местных священнослужителей. Херонимо Лопес – procurador (прокурор) Мехико – исключительный пример – считал, что «чертовски опасно» учить мексиканцев читать и писать, и высказался так же в письме королю. Что еще хуже, они подозревали, что за указаниями, данными Audiencia в 1530 году, скрывается влияние нищенствующих монахов с целью сократить количество выделяемых encomienda. Некоторые монахи, безусловно, принципиально возражали против encomienda с ее возможностями местной тирании и жестокого обращения с индейцами, с подразумеваемой квазифеодальной светской властью над их деревнями. Отношение Лас Касаса, сформировавшееся благодаря его опыту, приобретенному на островах в молодости, и мало изменившееся с тех пор, было исключительным примером этой точки зрения. И хотя в Испании Лас Касас имел влияние, он не был типичным церковнослужителем. Многие монахи, включая его старого наставника – достойного, но придирчивого Бетансоса, с ним были категорически не согласны. Они признавали в encomienda уникальный эффективный аппарат испанского расселения, понимая, что без него не будет поселений. Они надеялись, что большие феодальные владения, пока они получают свою дань, не станут чрезмерно вмешиваться во внутреннюю жизнь индейских деревень. В начале 1540-х годов после более чем десятилетия взаимной враждебности между этими двумя группами выявилась необходимость во взаимопомощи, и они начали сближаться. Церкви нищенствующих монахов начали получать финансовую помощь от encomenderos; некоторые из них выступили с инициативой и попросили создать у себя миссию. Более благочестивые encomenderos, как Кортес, восхищались миссионерами. Более умные ценили стабилизирующий эффект миссий, особенно на разработках месторождений, и понимали, что процветающие индейские общины производят больше дани. Более того, они брали на себя обязательства строить церкви и обеспечивать приходское духовенство на территории в пределах своих владений. Если монахи будут делать это для них, то они будут освобождены от ответственности и проблем. И что самое серьезное, их положение и привилегии находились под все возрастающим давлением со стороны короны и ее чиновников в audiencias; им была нужна влиятельная и явно незаинтересованная поддержка, которую могли оказать им монашеские ордена. Нищенствующие монахи со своей стороны, желая ослабить противодействие гражданских лиц своей работе, увидели выгоды в союзе с главами поселений. Во время кризиса, который начался после публикации в 1543 году Новых законов, они встали на сторону encomenderos; в 1544 году все три ордена в Новой Испании послали делегацию к королевскому двору с протестом против Новых законов, которая настаивала на сохранении системы encomienda.