Ненадежный союз с главными encomenderos мало помог монахам в их попытке помериться силами с епископством и немонашеским духовенством. До середины века немонашеское духовенство играло второстепенную роль в росте церкви в Новой Испании. Сообщения о невежестве, глупости и общей безнравственности его представителей писали главным образом монахи, и к ним следует относиться с осторожностью, но, безусловно, таких было немного. После 1555 года их число увеличилось; им стало доступно больше приходов; стало приезжать больше испанцев, и на посвящение в духовный сан стали предлагать к рассмотрению кандидатуры молодых креолов. Они имели преимущества – недавно основанные университеты как центры обучения в Индиях и церковные советы в Мексике как местные законодательные органы. Создание и управление системой приходов были обязанностями епископов, и, по мере того как епархии заселялись и становились все более организованными, епископы начали создавать новые приходы в христианских районах и ставить во главе них священников не из монашеских орденов. Однако монахи в добавление к своей деятельности по христианизации местного населения также выполняли обязанности приходских священников среди индейцев. По мере развития колоний и увеличения числа христиан изначальные первопроходческие миссии превратились в doctrinas – приходы во всех отношениях, кроме названия, хотя многие из них охватывали территории гораздо большие, чем было необходимо для отправления функций приходского священника. Опираясь на папскую привилегию и королевскую благосклонность, монахи могли, если хотели, не обращать внимания или игнорировать полномочия епископов. Они использовали свое привилегированное положение, чтобы всеми возможными средствами противостоять созданию новых приходов и введению в должности немонашеского духовенства, представителей которого они считали неподходящими как по характеру, так и по подготовке для принятия на себя духовного руководства новообращенными индейцами.
Первые разногласия возникли по поводу выплаты десятины. С момента своего появления в Индиях монахи настаивали на том, чтобы индейцев не облагали десятиной, чтобы вера казалась им привилегией, а не бременем. Епископы подчеркивали, что система епархий и приходов не может существовать без уплаты десятины. Это был вопрос для Patronato, и указы 1533, 1534 и 1544 годов поддержали религию: индейцам было приказано платить. Монахи воспротивились и побуждали индейцев в своих приходах оказывать сопротивление, так что на протяжении нескольких лет во многих районах десятину нельзя было собрать. Подозревали, что это сопротивление в меньшей степени возникло как возражение против самой десятины, а в большей – из желания не допустить в эту сферу немонашеское духовенство.