Изначально только трем монашеским орденам было разрешено короной работать в Индиях, но в конце XVI века с одобрения Филиппа II в миссионерское поле вошли другие религиозные ордена. Из них самыми активными и успешными были иезуиты – орден с сильными связями в Испании, дисциплиной, организацией и системой подготовки, более всеобъемлющими, чем у любых их предшественников. Из всех орденов иезуиты были, вероятно, самыми учеными и интеллектуально самыми активными, и им мы обязаны почти всеми самыми лучшими отчетами о гражданской и естественной истории Индий в XVII и XVIII веках. Они были вооружены папскими привилегиями, аналогичными тем, которыми были наделены францисканцы со стороны Omnimoda; но когда они прибыли в Перу в 1569 году и получили указания от вице-короля Толедо осуществлять контроль за doctrinas там, где не было других священников, они были против на том основании, что их призвание состояло в том, чтобы работать среди язычников. Филипп II приказал им уступить, издав указ, демонстрирующий исключительно широкие привилегии лица, назначающего на должности. В конечном счете они полем своей деятельности избрали малоизвестный лесной регион в долинах верхнего течения рек Парана и Уругвай и в регионе Гуайра к востоку от Параны. Иезуитская провинция Парагвай была основана в 1607 году, а первая миссия среди индейцев-гуарани – в 1610 году. В первые сорок лет начали свою работу 48 миссий. И индейцы-гуарани, и обитатели Гуайры доброжелательно относились к жизни миссии, и главная опасность для миссий исходила не от враждебности индейцев, а от вооруженных отрядов налетчиков из Сан-Паулу, ищущих рабов для бразильских плантаций. Из первых 48 миссий жители Сан-Паулу уничтожили 26, и иезуитам пришлось обращаться за помощью к правительству Перу, чтобы вооружить своих индейцев для обороны. Миссии демонстрировали большое мужество и стойкость. В середине XVI века незадолго до изгнания иезуитов их было 30 с общей численностью индейского населения около ста тысяч человек. Их организация напоминала организацию поселений, основанных раньше Васко де Кирогой в Мичоакане. Это были пастушеские и земледельческие коммуны, в которых главное имущество, скот и плантации, находились в собственности миссии, и лишь дома и огороды – в частной собственности. Они были тщательно изолированы от внешнего мира, и индейцы, которыми управляли священники вплоть до мелочей, были знакомы лишь с теми элементами европейской культуры, которые, по мнению священников, были совместимы с их примитивным разумом. Язык гуарани был языком и богослужений, и повседневной жизни. Подобно францисканцам, которые своими проповедями помогали распространять язык науатль как язык межнационального общения в Новой Испании, иезуиты помогали распространять язык гуарани. С экономической точки зрения миссии процветали. Излишки хлопка, табака, кож и yerba mate (трава мате), пригодные для экспорта, отправлялись вниз по течению реки в Корриентес или Буэнос-Айрес с целью продажи для ордена. С общественной точки зрения они тоже, по-видимому, были достаточно удовлетворены в узких рамках дисциплины, насаждаемой священниками. Однако у них были маленькие возможности внутреннего роста; с индейцами в общинах обращались доброжелательно, но твердо, как с пожизненно второстепенными членами; они были абсолютно зависимы от руководства и инициативы священников. Когда иезуитов изгнали из владений испанской короны, изолированная утопия в джунглях рухнула.