После уничтожения последовала замена. Монахи быстро разошлись по двое, по трое по огромным территориям, и, куда бы они ни приходили, они основывали церкви, и при каждой церкви был монастырь для проживания монахов, работающих в этом регионе. Районы, обслуживаемые этими монастырями, зачастую были очень большими, и монахи постоянно путешествовали. Одни только францисканцы основали в Новой Испании 9 церквей в первые пять лет своей миссии. К 1560 году у них их было больше 80 с общей численностью монахов около 380. В общей сложности в Новой Испании в XVI веке монахами были основаны около 270 церквей, в основном до 1576 года. Сначала церкви были скромными временными постройками, но, имея, очевидно, в своем распоряжении неограниченное количество рабочих рук, включая большие группы людей, привыкшие строить из камня, строительного раствора и саманных кирпичей, с 1540 года их основатели приступили к строительству постоянных церквей зачастую значительных размеров. Многие из этих церквей выросли на местах разрушенных индейских храмов. Очевидная причина этого крылась в символическом значении христианской церкви, увенчивающей древний языческий холм-храм. Но существовала и более утилитарная причина: большие храмы-холмы находились в основном в крупных населенных пунктах. Обучение и крещение многих сотен тысяч человек могло быть осуществлено небольшим числом монахов только в городских общинах, расположенных близко к центру, – церкви и монастырю, откуда миссионеры и выходили осуществлять свою деятельность. Естественно, монахи обосновывались в тех местах, где уже существовали городские общины. Однако во многих районах Новой Испании не было такой концентрации населения, и индейцы жили в далеко расположенных друг от друга деревнях среди своих полей. В этих регионах миссионеры тратили много энергии на то, чтобы убедить или заставить жителей деревни перебраться в новые городки, построенные вокруг церкви и монастыря и предназначенные для проживания индейцев, в которых существовала система совместной обработки земли под руководством монахов. Они утверждали, что благодаря этим мерам новообращенные христиане могли иметь не только моральные преимущества городской жизни и обучение у миссионеров, но и экономические и социальные преимущества – изоляция от мирян-испанцев. Политика расовой сегрегации была рекомендована не для удобства европейцев, а для того, чтобы защитить индейцев от эксплуатации и морального разложения, которые могли последовать за слишком тесными контактами с европейцами, и держать их под постоянным церковным надзором.