Конфликт в 1568 году был исключением. В целом отношения между папской властью и испанской короной, касающиеся религиозных дел в Индиях, были гармоничными. Папы ценили отзывчивость испанских королей во всех вопросах, затрагивающих их власть в Индиях, и сознавали свое собственное бессилие действовать там. Они обычно молча признавали распространение
Церковь в Испании в конце XV – начале XVI века пережила подъем религиозных волнений, во многом схожих с движением, которое потрясло церковь в Северной Европе поколением позже. Эти волнения были наиболее выражены среди монахов нищенствующих орденов, особенно среди строго соблюдающих предписания религии францисканцев. На протяжении многих лет для них были характерны недовольство относительной легкостью монастырской жизни и решимость вернуться к строгому уставу ордена францисканцев с его отказом от собственности. К этой приверженности изначальному уставу группы строго соблюдавших все предписания монахов, возникшие в Испании во второй половине XV века, добавили практику аскетического духовного уединения с жесткой самодисциплиной и, прежде всего, сильным ощущением своей евангельской миссии. Последователи блаженного Иоанна из Пуэблы и его ученика Хуана де Гуадалупе предпочитали проповедовать свое простое и суровое христианство среди бедных и пренебрегаемых всеми людей, особенно горцев-крестьян из Западной Андалусии и Эстремадуры и нехристиан. После завоевания Гранады такие монахи стали считать своей миссией чрезвычайно трудную задачу обращения в христианство мусульманского населения.
Движение за реформу и культ аскетизма приняло административную форму и стало более эффективным благодаря руководству и поддержке кардинала Хименеса де Сиснероса. Сиснерос – духовник королевы Изабеллы, францисканец, возглавлявший орденскую провинцию Кастилию, архиепископ Толедский, примас Испании, дважды регент – всю свою общественную жизнь стремился очистить испанское духовенство, усиливая аскетизм и проповедническую миссию монахов нищенствующих орденов. Среди своих монахов-францисканцев он, естественно, благоволил к тем, кто строго соблюдал все каноны веры, в противовес монастырским монахам, так что в год его смерти в Испании не осталось ни одного монастыря. С его одобрения прошли соответствующие реформы среди доминиканцев и иеронимитов. При нем после реформы число нищенствующих монахов сильно выросло; эти монахи образовали обученное и дисциплинированное духовное народное ополчение, готовое служить в любой точке мира. Более того, к аскетизму и дисциплине Хименес – основатель университета Алкалы, инициатор появления Библии, в которой текст был изложен на разных языках в параллельных колонках, поборник