Мужество Филиппа раздразнило Иоанна: оно подействовало на него не менее писем Курбского, оно усилило в нём склонность искать везде измены и лить кровь мнимых врагов. В характере Иоанна было медлить с гибелью тех, кого он особенно ненавидел... Уже давно не терпел он своего двоюродного брата Владимира Андреевича. В глазах подозрительного царя он был для изменников готовым лицом, которого они, если бы только была возможность, посадили бы на престол, низвергнув Иоанна. Но Иоанн всё ещё не решался с ним покончить, хотя уже в 1563 году положил свою опалу как на него, так и на мать его; после того мать Владимира постриглась. Царь держал Владимира Андреевича под постоянным надзором, отнял у него всех бояр и слуг и окружил его своими людьми. В 1566 году царь отнял у него удел и дал вместо него другой. Наконец в начале 1569 года решилась участь и Владимира Андреевича. Было подозрение (быть может, и справедливое), что Владимир, постоянно стесняемый недоверием царя, хотел уйти к Сигизмунду-Августу. Царь заманил его с женою в Александровскую слободу и умертвил обоих. Вслед за тем была утоплена в Шексне мать Владимира, монахиня Евдокия. Та же участь вместе с нею постигла инокиню Александру, бывшую княгиню Иулианию, вдову брата Иоаннова, Юрия, какую-то инокиню Марию, также из знатного рода, и с ними 12 человек.
Иоанн давно уже не терпел Новгорода. При учреждении опричнины он обвинял народ в том, что в прошедшие века народ не любил царских предков. Но нигде, конечно, он не видел таких резких, ненавистных для него черт, как в истории Новгорода и Пскова. Понятно, что в нём развилась злоба к этим двум землям, а особенно к Новгороду. Чуя над собою беду, новгородцы просили Филиппа, когда он отправлялся в Москву на митрополию, ходатайствовать за них перед государем. В это время какой-то бродяга Пётр, родом волынец, наказанный за что-то в Новгороде, вздумал разом и отмстить новгородцам, и угодить Иоанну. Он сам сочинил грамоту к Сигизмунду-Августу и необыкновенно искусно подписался под руку архиепископа Пимена и других граждан, спрятал эту грамоту в Софийском соборе за образ Богоматери, а сам убежал в Москву и донёс государю, что архиепископ со множеством духовных и мирских людей отдаётся литовскому королю. Грамота действительно нашлась в указанном месте.
В декабре 1569 года Иоанн предпринял поход на север. С ним были все опричники и множество детей боярских: он шёл как на войну. Разгром начался с границ Тверских владений, с Клина: опричники врывались в города и селения, грабили, били кого попало. Особенно сильно пострадала Тверь, под которою Иоанн стоял пять дней. Здесь сначала ограбили всех духовных, начиная с епископа. Простые жители думали, что тем дело и кончится, но через два дня опричники, по царскому приказанию, бросились в город, бегали по домам, ломали всякую домашнюю утварь, рубили ворота, двери, окна, забирали всякие домашние запасы и товары, свозили в кучи, сжигали, а потом удалились. Жители опять подумали, что этим дело кончится, как вдруг опричники опять ворвались в город и начали бить кого ни попало.
Из Твери царь уехал в Торжок, где повторилось то же, что делалось и в Твери. Но в Торжке Иоанн едва избежал опасности. Здесь содержались в башнях пленные немцы и татары. Царь приказал убить их, но когда пришли к татарам, то мурзы бросились в отчаянии на Малюту, тяжело ранили его, потом убили ещё двух человек; а один татарин кинулся было на самого Иоанна. Все татары были умерщвлены.
2-го января 1570 года в Новгород явился передовой отряд царской дружины, которому велено было устроить крепкие заставы вокруг всего города, чтобы ни один человек не убежал. Бояре и дети боярские из этого передового полка бросились на подгородные монастыри и запечатали монастырские казны; игуменов и монахов, числом более 500, взяли в Новгород и поставили на правёж до государева приезда. Другие дети боярские собрали ото всех новгородских церквей священников и дьяконов и отдали их на соблюдение приставам, по 10 человек каждому приставу: их держали в железных оковах и каждый день с утра до вечера били на правеже, правя по 20 рублей. Подцерковные и домовые палаты у всех приходских церквей и кладовые именитых людей были перепечатаны. Гостей, приказных и торговых людей перехватали и отдали приставам; дома и имущества их были опечатаны; жён и детей держали под стражей.