Прошло около года, и ничто не возмущало мира между царём и митрополитом. Филипп занимался делами Церкви, стараясь подражать благому нраву благолюбивого митрополита Макария и последовать честным стопам его. Царь оказывал Филиппу благоволение и любовь. Все радовались этому и благодарили Бога. Но в душе царь уже не любил митрополита, подозревая в нём орудие бояр и полагая, что, по их-то настроению, он осмелился требовать уничтожения опричнины пред своим поставлением на митрополию. В июле 1567 года перехвачены были грамоты польского короля и литовского гетмана к главнейшим московским боярам, доставленные Козловым. Начались казни. Опричники неистовствовали в Москве, убивали всенародно, на улицах и площадях, человек по 10 и по 20 в день. Всех объял ужас. Многие со слезами прибегали к митрополиту и умоляли его заступиться за них пред государем. И добрый пастырь, утешая несчастных словами веры, не мог оставаться безответным на вопли и стоны своих духовных чад. Он помнил, что отказался от мысли просить уничтожения опричнины, но сохранил за собою право советовать государю и, следовательно, ходатайствовать по крайней мере о том, чтобы он обуздывал своих опричников, наблюдал правду и милость по отношению к своим подданным и, карая злодеев, не дозволял проливать неповинной крови. Одушевлённый такими мыслями, святитель отправился к Иоанну, чтобы сначала наедине пастырски побеседовать с ним. В чём состояла эта тайная беседа, как обличал или убеждал царя митрополит, неизвестно; но последствия показали, что убеждения не принесли никакой пользы, а только, быть может, ещё более утвердили Иоанна в уверенности, что митрополит держит сторону ненавистных бояр и служит их орудием. К прискорбию, нашлись и между духовными лицами предатели, старавшиеся только об угождении царю. Это были: архиепископ новгородский Пимен, суздальский епископ Пафнутий, рязанский епископ Филофей и протопоп Благовещенского собора Евстафий, царский духовник, которого Филипп подверг запрещению за какие-то проступки. Особенно последний (то есть духовник царя) постоянно доносил ему, тайно и явно, хульные речи на митрополита. Время шло, неистовства опричников не прекращались. И вот святитель, испытав недостаточность тайных вразумлений царю, решил начать открытые, всенародные обличения ему. Иоанн пришёл в соборную церковь. Здесь митрополит обратился к нему с Такою речью: